如何在 NCBI 中手动下载生物体所有可用基因组的元数据

如何在 NCBI 中手动下载生物体所有可用基因组的元数据？

作者：Asad Prodhan 博士https://asadprodhan.github.io/

第 1 步：在 NCBI 数据库中搜索您的生物体

• 访问 NCBI 网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• 搜索您的生物体，如图 1 中红色矩形框中所示的镰刀菌属

• 搜索结果将显示在不同的类别下（图1）

• 单击图1中红色六边形所示的Genomes数据库

图 1：在 NCBI 数据库中搜索您的生物体。

第 2 步：选择您感兴趣的元数据

• 你会看到如图2所示的内容

• 勾选图2中红圈所示的装配框

• 单击“选择列”选项卡，如图 2 中的红色矩形所示

图 2：选择您感兴趣的元数据。

• 选择您感兴趣的元数据并应用（图 3）

图 3：可用元数据。

第 3 步：下载元数据

• 单击图 4 中红圈所示的“下载”选项卡

• 从下拉菜单中选择下载表

• 选择制表符分隔值 (TSV) 格式

• 点击下载

图 4：下载元数据。

步骤3：将TSV文件转换为Excel表格

• 将下载包含元数据的 TSV 文件。

• 您可以在 Excel 中打开 TSV 文件，如图 5 所示。

图 5：元数据表。

现在，您有一个 Excel 工作表，其中包含镰刀菌所有可用基因组序列的元数据。

您可以整理这些信息并列出您想要下载的程序集编号。

请参阅本教程，了解如何自动下载基因组序列：

https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically