根导航2.0

根导航 2

RootNav 2 是一个命令行工具，用于二维根架构的分割和分析。 RootNav 2 仍在维护中，如果某些内容对您不起作用，请联系我们。

2024 年 4 月 14 日更新

我们正在继续更新 RootNav 2，以使其使用和训练新模型尽可能简单。新的更新包括：

• 新的日志记录功能，您可以在训练或分析图像时使用--debug标志来查看有关正在发生的情况的更多详细信息
• 代码改进意味着 RootNav 2 的运行速度比以往更快。
• 更新了所有代码以支持最新版本的 PyTorch 和其他库，我们还删除了对一些不再需要的库的要求。
• 通过此更新，安装应该更简单，只需要安装几个库。我们更改了安装指南，以更好地遵循 PyTorch 的典型安装方式。

安装RootNav 2.0

要安装并运行 rootnav，您需要以下东西：

1. 来自 github 的代码克隆
2. python的安装
3. Pytorch 和相关库
4. 软件所需的其他软件包

如果您想训练自己的模型，您还需要：

1. Nvidia GPU（否则训练会很慢）
2. Cuda 驱动程序和安装并启用 cuda 的 pytorch
3. 软件所需的附加软件包。

以下说明假设您已经安装了 python，并且如果需要的话具有兼容的硬件。如果您不确定如何安装 python，我们建议使用 Anaconda，可以在此处下载。

下载RootNav 2.0代码

您首先需要下载代码，可以是上面的 zip 文件，也可以克隆 git 存储库（推荐）：

 git clone https://github.com/robail-yasrab/RootNav-2.0.git

安装 Pytorch

Pytorch 负责在推理和训练期间在 Rootnav 工具中运行的深度学习。 Pytorch 会定期更新，我们现在建议按照 pytorch 网站上的说明进行安装。

其他依赖项

可以使用推理或训练目录中的需求文件来安装其余依赖项。如果您使用 pip，那么以下内容将在 Linux 中运行：

 cd RootNav-2.0/inference
pip install -r requirements.txt

如果您需要使用 RootNav 训练新模型，您可以在训练目录中执行相同的操作。其他操作系统中的库支持更加复杂，如上所述我们建议使用 Anaconda。您可能会发现 Anaconda 在 Linux 中也是最简单的。

使用工具

大多数用户希望在新图像上运行 RootNav 2.0，在这种情况下，您需要的所有代码都位于inference文件夹中。您可以在推理自述文件中找到更多说明。

训练新模型

训练代码可以在训练文件夹中找到。培训自述文件中给出了有关培训模型的说明。如果您想合作开发 RootNav 2.0 新模型，请联系我们。

接触

Rootnav 2 发表在 GigaScience 上。如有疑问，请联系[email protected]。

参考

[1] Yasrab, R.、Atkinson, JA、Wells, DM、French, AP、Pridmore, TP 和 Pound, MP (2019)，RootNav 2.0：复杂植物根结构自动导航的深度学习，GigaScience，8（ 11），giz123。