RAILIN

RAILIN（整数线性规划共振分配）

介绍

RAILIN 是一个 Python 工具包，用于根据核磁共振频率自动分配氨基酸侧链。该问题可以表述为线性分配问题并通过约束优化技术来解决。 RAILIN 使用 MAP（最大后验）分类方法来估计每个自旋系统的共振频率对应于 21 个氨基酸之一的概率。先验知识由蛋白质一级结构提供。该氨基酸序列用于制定约束线性分配问题，然后使用整数线性规划来解决该问题。整数规划问题是数学优化或可行性程序，其中部分或全部变量被限制为整数。在许多设置中，该术语指整数线性规划 (ILP)，其中目标函数和约束（整数约束除外）是线性的。

用法

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

安装

标准安装

依赖关系

RAILIN 依赖于以下软件包：

• numpy必需（numpy.scipy.org）
• scipy必需（scipy.org）
• matplotlib必需（matplotlib.org）
• networkx必需（networkx.github.io/）
• IBM ILOG CPLEX Optimizer — 必需 (cplex-optimizer)

要检查您的系统上是否已安装上述任何软件包，请尝试：

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

ImportError 表示该包未安装。

在类 Unix 系统上安装依赖项

1. 使用包管理器安装所需的 python 包；例如在 Debian/Ubuntu 上：

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx

2. 下载并安装 IBM ILOG CPLEX Optimizer：

出于测试目的，可以在此处找到试用版。要获得完整功能，您需要在 ibm.com 上注册并获取许可副本。