D SCRIPT
v0.2.8: 2024-09-16 --
D-SCRIPT 是一种深度学习方法,用于在仅给出序列的情况下预测两种蛋白质之间的物理相互作用。它可以很好地推广到新物种,并且对于训练数据大小的限制具有鲁棒性。它的设计反映了这样的直觉:对于两种蛋白质的物理相互作用,每种蛋白质的氨基酸子集应该与另一种蛋白质接触。 D-SCRIPT 的中间阶段直接实现了这种直觉,D-SCRIPT 的倒数第二阶段是对蛋白质二聚体的蛋白质间接触图的粗略估计。这种结构驱动的设计增强了结果的可解释性,并且由于结构在进化上比序列更保守,因此提高了跨物种的普遍性。
Sam Sledzieski、Rohit Singh、Lenore Cowen 和 Bonnie Berger 的论文“基于序列的蛋白质-蛋白质相互作用预测:结构感知的可解释深度学习模型”中描述了 D-SCRIPT。
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