STRS

空间总 RNA 测序： STRS

用于空间总 RNA 测序 (STRS) 的分子和计算工作流程套件

该存储库包含您在几乎任何样本上运行和分析 STRS 所需的所有协议、管道和脚本！

查看txg_snake ，这是一个针对 10x 库（尤其是 STRS 数据集）的正在进行中的管道！

稿件链接：

• McKellar 等人， 《自然生物技术》 ，2022

• bioRxiv 预印本链接

子目录说明：

• manuscripts ：预印本和后续手稿的 .pdf 文件（希望如此！）

• protocols ：此处使用的协议的 Microsoft Word 和 .pdf 文档

• pipelines ：我们研究中使用的 Snakemake 工作流程。其中包括 STRS 数据（kallisto、STARsolo 和 miRge3.0）、小 RNAseq 数据（STAR 和 miRge3.0）、SmartSeqTotal (kallisto) 和 VASAdrop (kallisto) 的比对管道

• scripts ：我们使用的所有其他代码！主要包含空间分析中使用的 R 脚本和实用函数。

• references ：本研究中使用的参考基因组和注释的信息和脚本

• resources ：各种元数据、基因列表和我们用于分析数据的其他信息，请参阅每个子目录中的 README 文件以获取更多详细信息

为本文生成的数据：

• STRS 数据集：GSE200481

• SkM/心脏小 RNAseq 数据：GSE200480

• 单核总RNAseq数据（C2C12细胞系）：GSE209780

分析的附加数据：

• 小 RNA 图谱数据（Isakova 等人， PNAS ，2020）：GSE119661

• SmartSeqTotal 数据（Isakova 等人， PNAS ，2021）：GSE151334

• VASAdrop 数据（Salmen 等人， Nature Biotechnology ，2022）：GSE176588

接触：

• 伊维恩·德·弗拉明克 ([email protected])

• 本杰明·科斯格罗夫 ([email protected])

• 大卫·W·麦凯勒 ([email protected])