RagTag

破烂标签

RagTag 是用于搭建和改进现代基因组组装的软件工具集合。任务包括：

• 基于同源性的错误组装校正
• 基于同源性的组装脚手架和修补
• 脚手架合并

RagTag 还提供了用于处理常见基因组组装文件格式的命令行实用程序。

入门

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

文档

请参阅 Wiki 了解详细文档。

依赖关系

• Minimap2、Unimap 或 Nucmer
• Python 3（带有以下自动安装的软件包）
  • 麻木
  • 区间树
  • 皮萨姆
  • 网络x

引文

• 迈克尔，等人。 “自动组装支架提升了新的番茄系统的高通量基因组编辑能力。”基因组生物学（2022）。
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag 取代 RaGOO：

• 迈克尔，等人。 “RaGOO：快速准确的参考指导基因组草案支架。”基因组生物学 20.1（2019）：1-17。
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

致谢

与 RaGOO 第一个版本相关的许多主要算法改进都是由 MaSuRCA 汇编器的首席开发人员 Aleksey Zimin 提供的。 Luca Venturini 建议并最初实现了许多功能增强，例如 pysam 集成。 RagTag“合并”的灵感来自于 CAMSA。 CAMSA 的开发者 Sergey Aganezov 帮助审查了相关的 RagTag 代码。 RagTag“补丁”的灵感来自于 Melanie Kirsche 编写的脚手架工具 Grafter。 Melanie 为 RagTag 的实施提供了指导。 Michael Schatz 为整个项目提供了指导。