meryl

梅丽尔

这是“meryl”，几乎完全重写了 kmer 项目和 Celera Assembler 中出现的“meryl”。

重要提示：从此存储库获取最新的 meryl 代码。这与从 canu 1.8 或更早版本构建的旧 Meryl 数据库不兼容。新的 Meryl 明显比以前的版本快。

meryl db 不再采用.mcdat和.mcidx文件格式。 Meryl db 现在被设计为目录，包含 64 个二进制文件 + 64 个索引（128 个文件）。

依赖性

• gcc 10.2.0 或更高版本

安装

• 发布版本：下载稳定的发布版本

# Linux-amd64wget 示例 https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• 实验提示（使用git 2.25.1或更高版本）：

 git 克隆 https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

使用 k-mers 等评估组件

参见默奎里。

引用梅丽尔的话

我们不想再用另一张 k-mer 计数纸来折磨这个世界，所以我们将 meryl 填充到 merqury 方法中：

Rhie, A.、Walenz, BP、Koren, S. 等人。 Merqury：基因组组装的无参考质量、完整性和定相评估。基因组生物学 21, 245 (2020)。 https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9