seurat wrappers

修拉包装纸

SeuratWrappers 是社区提供的 Seurat 方法和扩展的集合，由 NYG​​C 的 Satija 实验室策划。这些方法包含目前 Seurat 中未找到的功能，并且能够更频繁地更新。

请参阅我们的贡献指南，以获取在 SeuratWrappers 中开发和添加新方法的帮助和指南

各个方法小插图可以在docs/目录中找到，我们建议在 GitHub 上查看时查看标准 markdown ( *.md ) 文件

可以通过遥控器完成安装

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

方法列表

包裹	小插图	参考	来源
单片眼镜3	使用 Monocle 3 和 Seurat 计算轨迹	曹等人，《自然》2019	https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
速维洛	使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速度	Bergen 等人，bioRxiv 2019	https://scvelo.readthedocs.io
GAPS	在 Seurat 对象上运行 CoGAPS	Stein-O'Brien 等人，细胞系统 2019	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
GLMPCA	在 Seurat 对象上运行 GLM-PCA	Townes 等人，基因组生物学 2019	https://github.com/willtownes/glmpca
科诺斯	使用 Conos 集成数据集	Barkas 等人，《自然方法》2019	https://github.com/hms-dbmi/conos
狮虎	使用 LIGER 集成 Seurat 对象	韦尔奇等人，细胞 2019	https://github.com/MacoskoLab/liger
快速MNN	在 Seurat 对象上运行 fastMNN	自然生物技术2018	https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
和谐	使用 Harmony 集成数据集	Korsunsky 等人，bioRxiv 2018	https://github.com/immunogenomics/harmony
阿尔拉	使用 ALRA 进行零保留插补	Linderman 等人，bioRxiv 2018	https://github.com/KlugerLab/ALRA
速度	使用 Seurat 估计 RNA 速度	La Manno 等人，《自然》2018	https://velocyto.org
谢克斯	将 schex 与 Seurat 一起使用	Freytag，R 包 2019	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
鲰	将 alevin 计数导入 Seurat	斯里瓦斯塔瓦等。等人，基因组生物学 2019	https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
星云属	使用 Nebulosa 可视化基因表达	Jose Alquicira-Hernandez 和 Joseph E. Powell，正在审查中	https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
CIPR	将 CIPR 与人类 PBMC 数据结合使用	埃基兹等。等人，BMC 生物信息学 2020	https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
米QC	在 Seurat 对象上运行 miQC	希彭等。等人，bioRxiv 2021	https://github.com/greenelab/miQC
三轮车	在 Seurat 对象上从三轮车运行estimate_cycle_position	郑等。等人，bioRxiv 2021	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html