UWAFA GAN
1.0.0
该代码是UWAFA-GAN的 pytorch 实现,已被 JBHI 2024 接受,名为“UWAFA-GAN:通过多尺度生成和配准增强实现超广角荧光血管造影转换”。它可用于将UWF扫描激光检眼镜(UWF-SLO)转换为UWF荧光素血管造影(UWF-FA)并显示微小的血管病变区域,并可对UWF-SLO和UWF-FA配对进行轻微错位训练。
我们正在努力通过道德和审批程序,以提供大量可训练数据,以增强我们开源代码的全面性。但目前我们还无法公开发布大量数据。感谢您对此事的理解。但是,如果您有自己的数据,您仍然可以使用我们的代码进行训练和生成。我们假设您的数据后缀为“.jpg”,位于路径“dataset/yours”中,首先我们需要将它们随机裁剪到训练数据集中。
python utils/advan_random_crop.py --datadir dataset/yours --output_dir dataset/data_slo2ffa --suffix .jpg --index_interval 0 --index_interval 100
这将从路径“dataset/yours”中裁剪100对后缀-jpg 图像,并将结果放入路径“dataset/data_slo2ffa”中。然后就可以进行训练程序了。在路径“config/train_config.yaml”中找到yaml文件,确保其data_path正确。
train_config.yaml 的一部分
batchsize: 4
epoch: 40
num_D: 2
n_layers: 4
# validation setting
validation_epoch: 41
val_dir: ''
# dataloader
data_path: ["dataset/data_slo2ffa"]
val_length: 900
seed: -1
img_size: [832, 1088]
并运行命令:
python -u train_changed.py
我们在dataset/example_pairs中提供了 6 对示例进行评估,如果您只有 UWF-SLO 也可以尝试一下。为了评估,第一个 UWF-SLO 应命名为 1.jpg,第二个命名为 2.jpg...就像dataset/example_pairs中一样
下载 exp_final 并确保路径“./weights/exp_final”正确。目录“exp_final”应包含三个元素:
├── exp_final
├──discriminator.pt
├──generator.pt
├──reg.pt
并运行命令:
python -u utils/Model_evaluation_without_ffa.py --updir dataset/example_pairs
--model_updir weights/exp_final
结果将保存在路径dataset/example_pairs中
@article{ge2024uwafa,
title={UWAFA-GAN: Ultra-Wide-Angle Fluorescein Angiography Transformation via Multi-scale Generation and Registration Enhancement},
author={Ge, Ruiquan and Fang, Zhaojie and Wei, Pengxue and Chen, Zhanghao and Jiang, Hongyang and Elazab, Ahmed and Li, Wangting and Wan, Xiang and Zhang, Shaochong and Wang, Changmiao},
journal={IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics},
year={2024},
publisher={IEEE}
}