iCount

iCount：蛋白质-RNA 相互作用分析

iCount 是一个 Python 模块和关联的命令行界面 (CLI)，它提供了处理蛋白质-RNA 相互作用的 iCLIP 数据并生成所需的所有命令：

• 解复用和适配器修剪的 FASTQ 文件，

• 具有映射 iCLIP 读取的 BAM 文件，

• 识别出蛋白质-RNA 交联位点，保存到 BED 文件中，

• 由统计上显着的交联位点组成的峰，保存到 BED 文件，

• 重要交叉链接位点的集群，保存到 BED 文件中，

• 对各个重复实验进行分组，

• RNAmap 生成显示交联位点相对于基因组标志的位置分布，

• kmer富集分析，

• 和其他。

您可以从教程开始或深入研究文档。

作者

iCount 由卢布尔雅那大学计算机与信息科学学院生物信息学实验室的 Tomaž Curk 与 Jernej Ule 实验室合作开发和支持。

开发始于 2008 年底，当时 Tomaž Curk 和 Gregor Rot 编写了 iCount 的第一个原型。从那时起发生了很多事情。有关详细信息和完整致谢，请参阅文档中的如何引用部分。

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