NetSolP 1.0

NetSolP-1.0

NetSolP-1.0 预测大肠杆菌中表达的蛋白质纯化的溶解度和可用性。可用性目标包括蛋白质的溶解度和表达性。 NetSolP-1.0 基于蛋白质语言模型（ESM12、ESM1b）。

网络服务器可以在 https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetSolP 找到。可从“下载”选项卡获取该软件的独立版本。它包含网络服务器的代码。此外，它还有数据集、训练和测试代码以及​​训练后的模型

用法

对于培训：

 cd TrainAndTest/
python train.py

更多详细信息和要求，请参见文件夹 TrainAndTest 的自述文件。

用于预测：（首先训练模型并将其转换为 ONNX 或从网络服务器“下载”选项卡下载预先训练的模型）

 cd PredictionServer/ 
python predict.py --FASTA_PATH ./test_fasta.fasta --OUTPUT_PATH ./test_preds.csv --MODEL_TYPE ESM12 --PREDICTION_TYPE S

更多详细信息和要求，请参阅文件夹 PredictionServer 的自述文件。

执照

该代码根据 BSD 3-Clause 许可证获得许可。

引文

 @article{10.1093/bioinformatics/btab801,
    author = {Thumuluri, Vineet and Martiny, Hannah-Marie and Almagro Armenteros, Jose J and Salomon, Jesper and Nielsen, Henrik and Johansen, Alexander Rosenberg},
    title = "{NetSolP: predicting protein solubility in Escherichia coli using language models}",
    journal = {Bioinformatics},
    volume = {38},
    number = {4},
    pages = {941-946},
    year = {2021},
    month = {11},
    issn = {1367-4803},
    doi = {10.1093/bioinformatics/btab801},
    url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab801},
    eprint = {https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/38/4/941/49008876/btab801.pdf},
}