URD

乌鲁德

URD是一个 R 包，设计用于使用单细胞 RNA 测序数据以分支树的形式重建规范或分化过程的转录轨迹。它以培育世界树、决定一切命运的北欧神话人物命名。

URD 的描述如下：
斑马鱼胚胎发生过程中发育轨迹的单细胞重建。
Farrell JA 和 Wang Y（等额贡献）、Riesenfeld SJ、Shekhar K、Regev A 和 Schier AF（等额贡献）。
科学 2018 年 4 月 26 日。doi: 10.1126/science.aar3131

安装

• 要安装，请按照 INSTALL.md 中的说明进行操作

示例代码

• 要开始使用，请查看快速入门教程：（查看）（下载）

• Farrell 和 Wang等人的完整补充分析。描述了斑马鱼胚胎发生期间（受精后 3.3-12 小时）发育轨迹重建的信息。

• Siebert、Farrell等人的完整补充分析。描述了成年水螅发育轨迹的重建也可用。

• 用于绘制 Siebert、Farrell等人的处理数据的教程。 （见下文下载）可在此处获取

待探索的处理数据

• 来自 Farrell & Wang等人的斑马鱼胚胎发生（受精后 3.3 - 12 小时）的经过处理的 URD 对象。可以从 Broad Single-cell Portal 下载（需要登录）。

• 来自 Siebert、Farrell等人的成年九头蛇经过处理的 URD 对象。可以从 Broad Single-cell Portal（需要登录）或 Data Dryad 下载。

版本历史

NEWS.md 中列出了详细的更改和次要版本

最近的错误修复：1.1.1（2020 年 4 月 28 日）

2019/07/25:

1.1版本发布！这包括使用 NMF 模块分析来检测和删除双峰的新函数、用于查看相对于伪时间的基因表达的新函数以及用于检查数据的新绘图函数。它与出版物《以单细胞分辨率解析的 Hydra 中的干细胞分化轨迹》一起发表。

2018/04/30:

1.0版本发布！它伴随着我们的手稿斑马鱼胚胎发生过程中发育轨迹的单细胞重建！