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sepal ：通过基于扩散的建模识别具有空间模式的转录谱

该仓库包含：

sepal python 包和安装文件
教程和使用示例（CLI 和作为导入的包）
出版物中使用的数据
出版物中提出的结果

下载并安装

sepal需要python3 ，最好是 3.5 以上的版本。要下载并安装，请打开终端并更改为您想要将sepal下载到的目录，然后执行以下操作：

git clone https://github.com/almaan/sepal.git
cd sepal
chmod +x setup.py
./setup.py install

根据您的用户权限，您可能需要添加--user作为setup.py的参数。运行该设置将为您提供计算扩散时间所需的最少安装。但是，如果您希望能够使用分析模块，您还需要安装推荐的软件包。为此，只需（在同一目录中）运行：

pip install -e " .[full] "

同样，可能需要包含--user 。另外，如果这是您设置python-pip接口的方式，您可能必须使用pip3 。如果您使用conda或虚拟环境，请按照他们的建议安装软件包。

这应该安装命令行界面 (CLI) 和标准包。要测试并查看安装是否成功，您可以尝试执行以下命令：

sepal -h

它应该打印与萼片相关的帮助消息。如果到目前为止一切顺利，您可以继续查看示例部分以查看sepal实际应用！

示例

命令行界面

建议通过命令行界面使用 sepal。计算扩散时间的模拟以及随后的结果分析或检查都可以通过键入sepal并随后run或analyze来轻松执行。 analyze模块有不同的选项，用于可视化结果（ inspect ）、将配置文件分类到模式家族（ family ）或对已识别的家族进行功能富集分析（ fea ）。有关可用命令的完整列表，请执行sepal module -h ，其中 module 是run和analyze之一。下面，我们说明如何使用萼片来查找具有空间模式的转录谱。

我们将创建一个文件夹来保存我们的结果，该文件夹也将作为我们的工作目录。从存储库的主目录中，执行以下操作：

 cd res
mkdir example
cd example

MOB 样本将用于举例说明我们的分析。我们首先计算每个转录谱的扩散时间：

sepal run -c ../../data/real/mob.tsv.gz -mo 10 -mc 5 -o . -ar 1

下面是一个示例（附加显示了帮助命令），展示了它的外观

CLI 运行示例

计算出扩散时间后，我们想要检查结果，就像在研究中一样，我们将查看前 20 个配置文件。我们可以通过运行以下命令轻松地根据结果生成图像：

 sepal analyze -c ../../data/real/mob.tsv.gz 
-r 20200409173043610345-top-diffusion-times.tsv 
-ar 1k -o . inspect -ng 20 -nc 5

这看起来像这样：

CLI分析示例

输出将如下图所示：

分析输出

然后，要将排名前 100 的基因分类到一组模式族中，其中模式中 85% 的方差应由特征模式来解释，请执行以下操作：

sepal analyze -c ../../data/real/mob.tsv.gz 
-r 20200409173043610345-top-diffusion-times.tsv 
-ar 1k -o . family -ng 100 -nbg 100 -eps 0.85 --plot -nc 3

由此，我们得出每个家族的以下三个代表性主题：

代表性图案

我们可以通过运行以下命令对我们的家庭进行富集分析：

sepal analyze -c ../../data/real/mob.tsv.gz 
      -r 20200409173043610345-top-diffusion-times.tsv 
   -ar 1k -o . fea -fl mob.tsv-family-index.tsv -or " mmusculus "

例如，我们看到 Family 2 丰富了与神经元功能、生成和调节相关的几个过程：

	家庭	本国的	姓名	p_值	来源	交叉点大小
2	2	GO：0007399	神经系统发育	0.00035977	去：BP	26
3	2	号码：0050773	树突发育的调控	0.000835883	去：BP	8
4	2	GO：0048167	突触可塑性的调节	0.00196494	去：BP	8
5	2	号码：0016358	枝晶发育	0.00217167	去：BP	9
6	2	号码：0048813	树突形态发生	0.00741589	去：BP	7
7	2	号码：0048814	树突形态发生的调控	0.00800399	去：BP	6
8	2	号码：0048666	神经元发育	0.0114088	去：BP	16
9	2	号码：0099004	钙调蛋白依赖性激酶信号通路	0.0159572	去：BP	3
10	2	GO：0050804	化学突触传递的调节	0.0341913	去：BP	10
11	2	GO：0099177	跨突触信号传导的调节	0.0347783	去：BP	10