congas
v1.0.0
一组 Pyro 模型和函数,用于从 scRNA-seq 数据推断 CNA。它附带了一个配套的 R 包,可用作接口并提供预处理、模拟和可视化例程。我们建议直接使用 R 包,因为它主要用作计算的后端。
目前提供:
分段上的混合模型,其中 CNV 建模为 LogNormal 随机变量 (MixtureGaussian)
分段上的混合模型,其中 CNV 建模为分类随机变量 (MixtureCategorical)
一个简单的 Hmm,其中 CNV 再次分类,但没有聚类 (SimpleHmm)
安装:
$ pip install congas-old
对示例数据运行简单分析
将 congas 导入为 cnfrom congas.models 导入 MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams,loss = cn.run_analysis(data_dict,MixtureGaussian,steps=200,lr=0.05)