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概述

分类数据库是公共序列数据库中所有生物体的精心分类和命名法。目前，该物种约占地球上所描述生命物种的 10%。 NCBI分类数据库的官方地址为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy，公共数据下载地址为https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/。 taxtree用于通过处理names.dmp和nodes.dmp并根据taxa的层次结构绘制简单的进化树，基于Taxonomy数据库生成分类单位（taxa）的系统发育拓扑。 taxtree函数的实现依赖于tidyverse和ggtree 。目前， taxtree允许使用分类数据库中的768,430 个分类单元来构建系统发育树的拓扑。

等级	高等类群	属	物种	较低类群	全部的
古细菌	610	264	第878章	0	1,752
细菌	5,897	5,005	24,761	第952章	36,615
真核生物	67,028	98,600	515,880	36,640	718,148
真菌	6,009	7,437	55,840	1,571	70,857
后生动物	48,564	70,320	270,261	18,292	407,437
病毒	2,064	2,587	7,180	65	11,896
细菌	5,897	5,005	24,761	第952章	36,615
所有类群	75,630	106,458	548,685	37,657	768,430

安装

安装之前，您需要通过BiocManager下载taxtree依赖包ggtree 。

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
  BiocManager::install("ggtree")

安装devtools ，它用于从 GitHub 安装 R 包。

if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")

完成上述步骤后，开始安装。

devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")

功能

taxtree有六个核心功能。

make_Taxtree()如果您有一些明确的类群名称（界门类目科属物种或任何其他分类节点），您可以使用此函数从类群名称列表构建其分类拓扑。
find_Lineage()通过明确的分类单元名称，可以找到该分类号下的所有分类谱系。
name2rank()如果您有一些明确的分类单元名称（王国门类目家族属物种或任何其他分类节点），您可以使用此函数根据分类单元的名称获取分类等级名称（和分类单元）。
name2rank_str()如果您有一些明确的分类单元名称（王国门类目科属物种或任何其他分类节点），您可以使用此函数根据分类单元的名称获取分类等级名称（和分类单元）。您可以在此函数中输入单个字符串或包含多个字符串的向量。
plot_taxTree()基于ggtree包绘制一个简单的分类树。
write_taxTree()该函数基于ape包，使用 Newick 格式以括号格式在文件中写入树。

应用

基于OTU的物种注释，允许使用make_Taxtree()函数根据从注释中获得的类群名称构建其系统发育拓扑；
进行分类学研究。对灵长类目下的人类近亲感到好奇吗？ find_Lineage("Primates") 是一个可以给你答案的单行命令；
边境门目科属种，分类实在是太复杂了。 name2rank()、name2rank_str()，只需提供分类单元的名称，它就会告诉您其分类等级；
超级联动。 taxtree基于Taxonomy数据库，可以链接到TaxonKit软件；此外，taxtree 生成 S3 系统发育类，这些类通常用于在 R 中存储系统发育树。使用ggtree包可以轻松地对树进行深度修饰。该树还可以通过 write_taxTree() 输出，结合itol.toolkit 包并用 iTOL 进行修饰。