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2024-10-25 Release

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生物医学研究本体论

生物医学研究本体 (OBI) 通过定义 2500 多个检测、设备、目标等术语，帮助您清晰地传达科学研究的信息。

这是 OBI 的开发人员存储库。您可以在此处下载最新的 OBI 产品，并通过我们的文档了解有关 OBI 的更多信息。

编辑

我们的本体术语分为三组。根据您要编辑或添加的术语类型，您必须通过不同的途径：

外部术语（来自其他本体）：我们使用 OntoFox 进行导入。编辑相应的src/ontology/OntoFox_inputs/文件。
模板术语：我们使用 ROBOT 模板将电子表格转换为 OWL。编辑相关的src/ontology/templates/文件：
- obsolete.tsv用于过时术语
- 用于一般分析的assays.tsv
- epitope-assays.tsv专门用于免疫表位测定
- value-specifications.tsv
- 标本的specimens.tsv
- medical-history.tsv用于病史分类和相关选择标准
- study-designs.tsv用于研究设计
- data-sets.tsv用于数据集
其他术语：在Protege中编辑src/ontology/obi-edit.owl 。

有关文件、构建说明以及使用 Git 和 GitHub for OBI 的说明的完整列表，请参阅下文。

从新本体导入

如果您希望从 OBI 当前没有 OntoFox 导入文件 ( src/ontology/OntoFox_inputs/ ) 的本体中导入术语，请按照以下步骤操作：

为新本体编写导入文件（请参阅现有导入文件以供参考）。
更新catalog-v001.xml以列出新的导入文件，就像列出现有导入文件一样。
将导入语句添加到obi-edit.owl 。
在src/ontology/OntoFox_outputs/中为输出模块创建一个空白文件，例如，为 foo.owl 导入制作虚假输出：

 touch src/ontology/OntoFox_outputs/foo_imports.owl

构建模块和 obi.owl。

 make imports
make obi.owl

在 Excel 中编辑模板

如果您希望在 Excel 中编辑一个或多个模板，而不是复制和粘贴模板，我们要求您按照此工作流程来保留引用。来回使用 Excel 可能会导致模板中的双引号发生一些无意的更改。

首先，安装 python 要求：

 python3 -m pip install -r requirements.txt

然后，制作Excel表格。在本地 OBI git 目录中，运行以下命令创建一个名为obi.xlsx的文件：

 make obi.xlsx

接下来，在 Excel（或您喜欢的任何编辑器）中打开obi.xlsx 。该电子表格包含每个 OBI 模板的选项卡（例如“研究设计”、“测定”等）。找到与您需要编辑的模板相对应的选项卡，进行更改，然后将 Excel 电子表格保存到同一位置 ( obi.xlsx )。最后，运行以下命令来更新模板的 TSV 版本：

 make update-tsv

这会将obi.xlsx中的选项卡转换回 TSV，并使用您的更改覆盖src/ontology/templates/目录中的现有 TSV。检查您的更改 ( git diff ) 并提出拉取请求。

查找术语

要查找术语所在的位置，可以使用src/scripts/locate.py 。

然后，您可以运行脚本以按 ID 或标签查找术语，方法是将它们作为空格分隔的列表传递，例如：

 src/scripts/locate.py OBI:0000070 CHMO:0000087 GO:0000785

标签应该用双引号引起来：

 src/scripts/locate.py "assay" "fluorescence microscopy" "chromatin"

编辑实用程序脚本

OBI 存储库包含一些 Python 脚本，可帮助开发人员高效编辑obi-edit.owl和 OBI 模板。这些脚本需要 Python 3。

这些脚本还要求您首先构建两个数据库（一个来自 OBI 编辑，一个来自 OBI 合并版本）：

 make obi-dbs

重新标记术语

由于模板中使用了标签，因此手动查找和替换术语的所有用法可能会很困难且乏味。相反，您可以使用src/scripts/relabel.py自动更新术语的标签及其用法。

您可以通过传递要更新的术语和新标签来运行它：

 src/scripts/relabel.py CHMO:0000087 "microscopy with fluorescence"

您还可以将旧标签作为第一个参数传递，只要将其括在双引号中即可：

 src/scripts/relabel.py "fluorescence microscopy" "microscopy with fluorescence"

确保提交所有更改的文件以确保更新所有用法。

文件

README.md这个概述文档
obi.owl OBI 最新版本
用于构建 OBI 的Makefile脚本
OBI的views/各种专业观点
- obi.obo .obo文件格式的 OBI 最新版本
- obi_core.owl OBI Core 的最新版本：约 100 个关键术语
src/
- OBI 的ontology/源文件
  - obi-edit.owl主 OBI OWL 文件
  - core.txt OBI 核心术语列表
  - external-byhand.owl一些来自其他本体的自定义导入
  - catalog-v001.xml OWL 导入覆盖的手工列表
  - templates/ OBI 各个分支的 ROBOT 模板文件
  - modules/机器人模板的结果
  - OntoFox_inputs/用于从其他本体导入的 OntoFox 配置文件
  - OntoFox_outputs/ OntoFox 结果文件
- 用于构建和验证 OBI 的sparql/ SPARQL 查询
- scripts/实用程序脚本
- views/视图配置

建筑

Makefile包含用于构建 OBI 的脚本。在 macOS 或 Linux 上，您应该只能运行make或以下特定任务之一。在 Windows 上，请考虑使用某种 Linux 虚拟机，例如 Docker 或 Vagrant。大多数结果将位于build/目录中。如果您遇到问题，请联系詹姆斯。

合并make test并运行 SPARQL 测试（每次推送到 GitHub 时都会运行）
make sort模板，并修复引用和行结尾
make imports更新 OntoFox 导入
make modules更新机器人模板
make obi.owl构建发布文件；推理可能需要大约 10 分钟
make views更新机器人模板
make all准备好发布，运行imports 、 modules 、 test 、 obi.owl和views
make build/obi_merged.owl将obi-edit.owl合并到单个文件中，不要推理
make clean删除临时文件

发展

我们使用 git 和 GitHub 来开发 OBI。关于两者都有很多很好的文档：

包含文件和文档的 git 网站
GitHub 帮助和流程

初始设置

在开始使用 OBI 进行开发之前，您需要进行一些初始设置：

注册 GitHub 帐户
安装 Git 命令行工具、GitHub Desktop 应用程序或您选择的其他 Git 客户端
使用您的姓名和电子邮件配置 Git
克隆 OBI 存储库
如果您使用的是 macOS 和 Excel，请设置预提交挂钩（有关详细信息，请参阅下文）：
```
 ln -s ../../src/scripts/check-line-endings.sh .git/hooks/pre-commit
```