cageseq

介绍

nf-core/cageseq是用于 CAGE-seq 测序数据的生物信息学分析管道。

该管道采用原始多路分解的 fastq 文件作为输入，包括链接器和人工制品修剪 (cutadapt)、rRNA 去除 (SortMeRNA、与参考基因组比对 (STAR 或 Bowtie1) 以及 CAGE 标签计数和聚类 (paraclu) 的步骤。包括质量控制步骤（FastQC、RSeQC、MultiQC），以便在运行后轻松验证结果。

该管道是使用 Nextflow 构建的，Nextflow 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础设施运行任务。它配备了 docker 容器，使安装变得简单，并且结果具有高度可重复性。

快速入门

1. 安装nextflow

2. 安装Docker 、 Singularity或Podman中的任何一个以获得完整的管道再现性（请仅使用Conda作为最后的手段；请参阅文档）

3. 下载管道并使用单个命令在最小数据集上测试它：

   nextflow run nf-core/cageseq -profile test, < docker/singularity/podman/conda/institute >

   请检查 nf-core/configs 以查看您的研究所是否已存在用于运行 nf-core 管道的自定义配置文件。如果是这样，您只需在命令中使用-profile 即可。这将启用docker或singularity ，并为本地计算环境设置适当的执行设置。

4. 开始运行您自己的分析！

nextflow run nf-core/cageseq -profile < docker/singularity/podman/conda/institute > --input ' *_R1.fastq.gz ' --aligner < ' star ' / ' bowtie1 ' > --genome GRCh38

有关运行管道时的所有可用选项，请参阅使用文档。

管道总结

默认情况下，管道当前执行以下操作：

1. 输入读取QC（ FastQC ）
2. 适配器+EcoP15+5'G修剪（ cutadapt ）
3. （可选）rRNA过滤（ SortMeRNA ），
4. 修剪和过滤读取 QC ( FastQC )
5. 读取与参考基因组的比对（ STAR或bowtie1 ）
6. CAGE 标签计数和聚类 ( paraclu )
7. CAGE标签聚类QC ( RSeQC )
8. 提供原始读取、比对和聚类结果的 QC 和可视化 ( MultiQC )

文档

nf-core/cageseq 管道附带有关管道的文档：用法和输出。

制作人员

nf-core/cageseq 最初由 Kevin Menden (@KevinMenden) 和 Tristan Kast (@TrisKast) 编写，并由 Matthias Hörtenhuber (@mashehu) 更新。

贡献与支持

如果您想为此管道做出贡献，请参阅贡献指南。

如需更多信息或帮助，请随时联系 Slack #cageseq频道（您可以通过此邀请加入）。

引文

如果您使用 nf-core/cageseq 进行分析，请使用以下 doi 引用它：10.5281/zenodo.4095105

您可以按如下方式引用nf-core出版物：

用于社区策划的生物信息学管道的 nf-core 框架。

Philip Ewels、Alexander Peltzer、Sven Fillinger、Harshil Patel、Johannes Alneberg、Andreas Wilm、Maxime Ulysse Garcia、Paolo Di Tommaso 和 Sven Nahnsen。

纳特生物技术公司。 2020 年 2 月 13 日。doi：10.1038/s41587-020-0439-x。 ReadCube：完整访问链接

另外，该流程中使用的工具和数据参考如下：

下一个流程

Di Tommaso P、Chatzou M、Floden EW、Barja PP、Palumbo E、Notredame C。Nextflow 支持可重复的计算工作流程。纳特生物技术公司。 2017 年 4 月 11 日；35(4):316-319。 doi：10.1038/nbt.3820。 PubMed PMID：28398311。

管道工具

• BED工具

  昆兰·AR，霍尔·IM。 BEDTools：一套灵活的实用程序，用于比较基因组特征。生物信息学。 2010 年 3 月 15 日；26(6):841-2。 doi：10.1093/生物信息学/btq033。 Epub 2010 年 1 月 28 日。PubMed PMID：20110278； PubMed 中心 PMCID：PMC2832824。

• 领结

  朗米德 B、特拉普内尔 C、波普 M、萨尔茨堡 SL。将短 DNA 序列与人类基因组进行超快速且高效的内存比对。基因组生物学。 2009；10(3)：R25。 doi：10.1186/gb-2009-10-3-r25。 Epub 2009 年 3 月 4 日。PMID：19261174； PMCID：PMC2690996。

• 剪切适应

  Martin, M., 2011。Cutadapt 从高通量测序读数中删除接头序列。 EMB 网。杂志，17(1)，第 10-12 页。

• 快速质量控制

• 多重QC

  Ewels P、Magnusson M、Lundin S、Käller M. MultiQC：在一份报告中总结多种工具和样品的分析结果。生物信息学。 2016 年 10 月 1 日；32(19):3047-8。 doi：10.1093/生物信息学/btw354。 Epub 2016 年 6 月 16 日。PubMed PMID：27312411； PubMed 中心 PMCID：PMC5039924。

• 帕拉克卢

  Frith MC，Valen E，Krogh A，Hayashizaki Y，Carninci P，Sandelin A。哺乳动物基因组中转录起始的代码。基因组研究。 2008 年 1 月；18(1):1-12。 doi：10.1101/gr.6831208。 Epub 2007 年 11 月 21 日。PMID：18032727； PMCID：PMC2134772。

• RSeQC

  Wang L, Wang S, Li W. RSeQC：RNA-seq 实验的质量控制生物信息学。 2012 年 8 月 15 日；28(16):2184-5。 doi：10.1093/生物信息学/bts356。 Epub 2012 年 6 月 27 日。PubMed PMID：22743226。

• SAM工具

  Li H、Handsaker B、Wysoker A、Fennell T、Ruan J、Homer N、Marth G、Abecasis G、Durbin R； 1000 基因组计划数据处理小组。序列比对/图谱格式和 SAM 工具。生物信息学。 2009 年 8 月 15 日；25(16):2078-9。 doi：10.1093/生物信息学/btp352。 Epub 2009 年 6 月 8 日。PubMed PMID：19505943； PubMed 中心 PMCID：PMC2723002。

• 排序MeRNA

  Kopylova E、Noé L、Touzet H。SortMeRNA：在宏转录组数据生物信息学中快速准确地过滤核糖体 RNA。 2012 年 12 月 15 日；28(24):3211-7。 doi：10.1093/生物信息学/bts611。 Epub 2012 年 10 月 15 日。PubMed PMID：23071270。

• 星星

  Dobin A、Davis CA、Schlesinger F、Drenkow J、Zaleski C、Jha S、Batut P、Chaisson M、Gingeras TR。 STAR：超快通用 RNA-seq 比对器生物信息学。 2013 年 1 月 1 日；29(1):15-21。 doi：10.1093/生物信息学/bts635。 Epub 2012 年 10 月 25 日。PubMed PMID：23104886； PubMed 中心 PMCID：PMC3530905。

• UCSC工具

  Kent WJ、Zweig AS、Barber G、Hinrichs AS、Karolchik D. BigWig 和 BigBed：支持浏览大型分布式数据集。生物信息学。 2010 年 9 月 1 日；26(17):2204-7。 doi：10.1093/生物信息学/btq351。 Epub 2010 年 7 月 17 日。PubMed PMID：20639541； PubMed 中心 PMCID：PMC2922891。

软件打包/容器化工具

• 蟒蛇

  Anaconda 软件分发。计算机软件。版本。 2-2.4.0。 Anaconda，2016 年 11 月。网络。

• 比奥康达

  Grüning B、Dale R、Sjödin A、Chapman BA、Rowe J、Tomkins-Tinch CH、Valieris R、Köster J；比奥康达团队。 Bioconda：生命科学领域可持续且全面的软件发行版。纳特方法。 2018 年 7 月；15(7):475-476。 DOI：10.1038/s41592-018-0046-7。 PubMed PMID：29967506。

• 生物容器

  da Veiga Leprevost F、Grüning B、Aflitos SA、Röst HL、Uszkoreit J、Barsnes H、Vaudel M、Moreno P、Gatto L、Weber J、Bai M、Jimenez RC、Sachsenberg T、Pfeuffer J、Alvarez RV、Griss J、 Nesvizhskii AI，Perez-Riverol Y. BioContainers：开源和社区驱动的框架用于软件标准化。生物信息学。 2017年8月15日；33(16):2580-2582。 doi：10.1093/生物信息学/btx192。 PubMed PMID：28379341； PubMed 中心 PMCID：PMC5870671。

• 码头工人

• 奇点

  Kurtzer 总经理、Sochat V、Bauer MW。奇点：计算移动性的科学容器。公共科学图书馆一号。 2017 年 5 月 11 日；12(5)：e0177459。 doi：10.1371/journal.pone.0177459。 eCollection 2017。PubMed PMID：28494014； PubMed 中心 PMCID：PMC5426675。

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