字典追踪

Dicty Tracking是一款基于 MATLAB® 的独立工具，开发用于半自动跟踪相差延时图像系列中迁移的盘基网柄菌细胞。该工具需要 Fiji/ImageJ 和 MATLAB Runtime 的安装。

细胞检测：使用 MATLAB® 图像处理工具箱中实现的 Sobel 算子以及后续的膨胀和腐蚀步骤，Dicty 跟踪能够有效地从相差图像中检测迁移的盘基网柄菌细胞的细胞体。影响细胞体检测准确性的几个参数的调整是可能的，并且在某些情况下可能是必要的。
质量控制和细胞选择：用户可以在Fiji/ImageJ中检查细胞体检测的准确性。然后，图形用户界面 (GUI) 允许选择算法应跟踪的单元格。通常，一些细胞由于碰撞、分裂或离开视野而必须被排除在分析之外。
细胞跟踪和数据导出：Dicty Tracking 算法通过连接图像系列每个时间点的细胞质心来跟踪选定的细胞。 Dicty Tracking 生成具有不同颜色的单元格轨迹的 .tif 堆栈，并将每个时间点的每个跟踪单元格的以下参数保存到 Excel 工作表中：
- x 和 y 位置
- 到前一点的距离（步长）
- 轨道总长度
- 到起点的直接距离
- 瞬时速度
- 瞬时角度（位移矢量与 x 轴之间的角度，请参阅用户指南了解更多详细信息）
- 转角（后续瞬时角度之差）
- 转角的余弦。
进一步分析：Dicty Tracking 附带额外的基于 VBA 的 Excel 工作簿，允许计算
- 平均速度
- 方向性比
- 均方位移（MSD）。

用户指南中提供了关于盘基网柄菌细胞跟踪和随后使用 Dicty Tracking 进行迁移分析的更详细说明。

设置细胞检测参数的窗口

使用 Fiji/ImageJ 控制细胞检测

用于选择应跟踪的单元格的 GUI

跟踪导出到 Excel 工作簿的数据

使用关联的 Excel 工作簿计算 MSD

不受限制的
使用 Dicty Tracking 跟踪自由（无限制）和随机迁移的 Ax2 野生型盘基网柄菌细胞

Ax2 野生型盘基网柄菌细胞被 0.17 nm 1.5% 琼脂糖切片限制，通过 Dicty Tracking 进行跟踪

vimeo.com提供了有关 Dicty Tracking 的简短视频教程（约 3 分钟）。

Dicty Tracking 背后的代码存储在子存储库源代码中。通过以下链接可以快速直接访问特定的代码文件：

MATLAB® 代码
- Dicty_tracking_v1_3.m：细胞体识别、质心提取、细胞选择GUI、跟踪、数据导出
关联 Excel 工作簿的 VBA 代码
- trajectories.vb：将所有跟踪单元的轨迹移动到原点（用于生成轨迹图）
- speed.vb：计算图像系列的所有跟踪单元的平均速度
- dirratio.vb：计算图像系列的所有跟踪单元的平均dir比率
- MSD Preparation.vb：准备跟踪数据以导入 MSD 计算工作簿
- MSD_1.vb、MSD_2.vb、MSD_3.vb 和 MSD_4.vb：允许计算最多 4 个不同细胞群在每个时间点的均方位移 (MSD)

该工具及其相关文件（包括 Excel 工作簿、用户指南和示例电影）均根据 MIT 许可证获得许可。

以下研究论文中使用了 Dicty Tracking 和/或相关文件：

Litschko C、Brühmann S、Csiszár A、Stephan T、Dimchev V、Damiano-Guercio J、Junemann A、Körber S、Winterhoff M、Nordholz B、Ramalingam N、Peckham M、Rottner K、Merkel R、Faix J. (2019)收缩性肌动蛋白皮层的功能完整性由多种与透明相关的福明来保护。美国国家科学院院刊116(9):3594-3603。 https://doi.org/10.1073/pnas.1821638116
Litschko C, Linkner J, Brühmann S, Stradal TEB, Reinl T, Jänsch L, Rottner K, Faix J. (2017) WAVE 调节复合体亚基在肌动蛋白驱动过程调节中的差异功能。欧洲细胞生物学杂志。 96（8）：715-727。 https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2017.08.003
Latham SL、Ehmke N、Reinke PYA、Taft MH、Eicke D、Reindl T、Stenzel W、Lyons MJ、Friez MJ、Lee JA、Hecker R、Frühwald MC、Becker K、Neuhann TM、Horn D、Schrock E、Niehaus I , Sarnow K, Grützmann K, Gawehn L, Klink B, Rump A, Chaponnier C, Figueiredo C, Knöfler R, Manstein DJ, Di Donato N (2018) ACTB 外显子 5 和 6 的变异导致综合征性血小板减少症。纳特·康姆. 9（1）：4250。 https://doi.org/10.1038/s41467-018-06713-0

在关于盘基网柄菌随机迁移分析的方法章节中进一步描述了盘基跟踪。本章还提供了有关受限和非受限样品制备、图像采集和有用提示的详细信息：

Litschko C、Damiano-Guercio J、Brühmann S、Faix J (2018)密闭和非密闭环境中盘基网柄菌阿米巴随机迁移的分析。分子生物学方法。 1749：341-350。 https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7701-7_24