biochatter

生物聊天

执照		Python
包裹		构建状态
测试		码头工人
发展		贡献

描述

生成式人工智能模型在提高各种任务的可访问性和自动化方面显示出巨大的有用性。然而，它们在生物医学领域的应用仍然有限，部分原因是缺乏部署、测试和评估所需的各种模型和辅助技术的通用框架。该存储库包含biochatter Python 包，这是一个用于将生物医学应用程序连接到对话式 AI 的通用后端库。

该库在本预印本中进行了描述，并在各种演示应用程序中使用来展示其用途：

• 一个简单的基于 Python 的前端，称为 BioChatter Light，我们在 https://github.com/biocypher/biochatter-light 上开发；

• 一个名为 BioChatter Next 的基于 Next.js 的高级前端，我们在 https://github.com/biocypher/biochatter-next 上开发；

• 供 Next 前端（以及任何其他基于 REST 的应用程序）使用的 RESTful API 服务器，位于 https://github.com/biocypher/biochatter-server。

BioChatter 是 BioCypher 生态系统的一部分，本地连接到 BioCypher 知识图。 BioChatter 论文正在这里撰写。

安装

要使用该包，请从 PyPI 安装它，例如使用 pip ( pip install biochatter ) 或 Poetry ( poetry add biochatter )。

附加功能

该软件包具有一些可选的依赖项，可以使用以下附加功能进行安装（例如pip install biochatter[xinference] ）：

• xinference ：支持通过 Xorbits Inference 查询开源 LLM

• podcast ：支持播客文本转语音（免费的 Google TTS；无需额外费用即可使用付费的 OpenAI TTS）

• streamlit ：支持 Streamlit UI 功能（在 BioChatter Light 中使用）

用法

查看文档以获取示例、用例和更多信息。 BioChatter 涵盖的许多常见功能都可以在 BioChatter Light 代码库中使用。

？参与其中

我们对大大小小的社区的贡献感到非常高兴！如果您想为 BioCypher 开发做出贡献，请参阅我们的贡献指南和开发人员文档。 :)

如果您想提出非正式问题、谈论开发问题或只是聊天，请加入我们的社区：https://biocypher.zulipchat.com！

冒名顶替综合症免责声明：我们需要您的帮助。不，真的。你脑子里可能有一个小声音告诉你，你还没有准备好，你的技能还不足以做出贡献。我们向您保证，您头脑中的小声音是错误的。最重要的是，除了编写代码之外，还有许多有价值的贡献方式。

本免责声明改编自 Pooch 项目。

有关 LLM 的更多信息

查看此存储库，了解有关大型语言模型的计算生物学使用的更多信息。

故障排除

如果您使用 Apple Silicon，您可能会遇到grpcio依赖项（ grpc库，在pymilvus中使用）的问题。如果是这样，请在从此处的虚拟环境中删除已安装的软件包后尝试从源代码安装二进制文件：

pip uninstall grpcio
export GRPC_PYTHON_LDFLAGS= " -framework CoreFoundation "
pip install grpcio==1.53.0 --no-binary :all: