guar_genotypes

瓜尔胶 ( C. tetragonoloba ) 的 RAD-Seq 基因分型

包含瓜尔豆 ( Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.) 基因分型和 GWAS 项目的数据和代码的存储库。存储库内容的简要描述：

make_consensus_vcf.py脚本用于使用原始 GATK-HC、NGSEP 和 TASSEL 5 变体调用生成最终变体数据集， make_snp_stats.py脚本用于相同的输入以探索变体调用的质量统计数据。

callset_refinement_filtering.ipynb笔记本用于运行变体质量控制并构建常见变体的最终过滤数据集。

genetic_analysis.ipynb笔记本用于执行大部分遗传分析，包括 PCA、连锁不平衡分析和基于广义线性模型的关联分析。

使用prepare_farmcpu.py脚本来格式化FarmCPU 工具的输入数据（所得p 值的QQ 图显示在论文和下面）。

admix_file_create.py文件用于预处理 ADMIXTURE 分析的基因型（其中部分是使用genetic_analysis.ipynb中的 Hail 完成的）。

guar_stat.R脚本用于对最终数据进行统计分析，使用FarmCPU工具进行全基因组关联分析，并绘制主要数据

parse_vcf_fcpu.py脚本用于格式化最终的 SNP 基因型表，该表可作为此存储库中的genotypes.xlsx文件使用。