baad
veau2002, dictionary
生物量和异速数据库 (BAAD) 包含有关全球木本植物构建的数据。这些数据收集自 170 多项已发表和未发表的科学研究，其中大部分以前未在公共领域公开。我们希望提供这些数据将提高我们了解世界木本植被的植物生长、生态系统动态和碳循环的能力。该数据集在出版物中有进一步描述
法尔斯特、DS、RA Duursma、MI Ishihara、DR Barneche、RG FitzJohn、A Vårhammar、M Aiba、M Ando、N Anten、MJ Aspinwall、JL Baltzer、C Baraloto、M Battaglia、JJ Battles、B Bond-Lamberty、M van布勒格尔、J 卡马克、Y 克拉维、L 科尔、M Dannoura、S 德拉格朗日、JC多梅克、F Fatemi、W Feng、V Gargaglione、Y Goto、A Hagihara、JS Hall、S Hamilton、D Harja、T Hiura、R Holdaway、LS Hutley、T Ichie、EJ Jokela、A Kantola、JW G Kelly、T Kenzo , D King, BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä、L Markesteijn、J Marshall、K McCulloh、I Miyata、K Mokany、S Mori、RW Myster、M Nagano、SL Naidu、Y Nouvellon、AP O'Grady、KL O'Hara、T Ohtsuka、N Osada、OO Osunkoya , PL Peri, AM Petritan, L Poorter, A Portsmuth, C Potvin, J Ransijn、D Reid、SC Ribeiro、SD Roberts、R Rodríguez、A Saldaña-Acosta、I Santa-Regina、K Sasa、NG Selaya、SC Sillett、F Sterck、K Takagi、T Tange、H Tanouchi、D Tissue、T Umehara , H Utsugi, MA Vadeboncoeur, F Valladares, P Vanninen, JR Wang, E Wenk, R Williams, F de Aquino Ximenes、A Yamaba、T Yamada、T Yamakura、RD Yanai 和 RA York (2015) BAAD：木本植物生物量和异速生长数据库。生态学96 ：1445–1445。 10.1890/14-1889.1
截至发布时，BAAD 包含 175 项不同研究中收集的 258526 项测量数据，涉及 674 个物种的 20950 名个体。这些在线报告中提供了有关 BAAD 的个别研究的详细信息。
BAAD 中的数据是根据知识共享零公共领域豁免发布的，因此可以不受限制地重复使用。为了表彰构建数据库所做的工作，我们恳请您引用上述文章，或者当仅使用一项或少数个别研究的数据时，如果您愿意，可以引用原始文章。
有两个选项可用于访问 BAAD 中的数据。
您可以从以下任一位置下载数据库的编译版本：
R的 baad.data 包。数据库包含以下元素
data ：合并的数据集（表），其中列如dictionary中定义dictionary ：变量定义表metadata ：包含“studyName”、“Topic”、“Description”列的表，包含有关用于收集数据的方法的书面信息methods ：一个表，其列与数据中的列相同，但包含用于收集数据的方法的代码。有关代码，请参阅 config/methodsDefinitions.csv。references ：作为汇总表和 bibtex 条目，包含每项研究的主要来源contacts ：包含每项研究的联系信息和隶属关系的表格这些元素可以在上述两个链接中以一系列 CSV 和文本文件的形式获取。如果您使用R ，到目前为止访问数据的最佳方式是通过我们的包 baad.data。安装软件包后（此处的说明），用户可以运行
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )下载生态档案存储的版本，或
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )下载较早或较新的版本（其中版本号将遵循语义版本控制准则。baad.data 包会缓存所有内容，因此后续调用（即使是跨会话）也非常快。这应该通过使其易于依赖来促进更高的可重复性用于特定分析的版本，并允许不同的分析使用不同版本的数据库。
有关不同版本以及版本之间的更改的更多详细信息，请参阅 github 版本页面和变更日志。
BAAD 被设计为一个动态数据库——随着我们添加更多数据，我们将定期发布。这些更新将与该资源版本号的更改相对应，并且每个版本的数据库都将在 github 上和通过 baad.data 包提供。如果您使用此资源进行已发布的分析，请记下出版物中的版本号。这将允许任何人在未来返回并找到与您使用的数据完全相同的版本。
BAAD 可以使用我们在 R 中的脚本化工作流程从源（原始数据文件）重建。除了基础 R 之外，BAAD 的构建还需要“remake”包。要从 R 中安装 remake，请运行：
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
还需要许多其他软件包（ rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ）。这些可以使用install.packages在 R 中安装，或者使用 remake 更容易安装（说明如下）。
然后可以使用 remake 重建数据库。
首先从 Ecoological Archives 或 github 下载代码和原始数据（作为 zip 文件），或者通过克隆 baad 存储库：
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
然后打开 R 并将下载的文件夹设置为工作目录。然后，
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
数据集的副本已作为rds （R 的压缩数据）和 csv 文件保存在export文件夹中。
您可以通过检查生成的相应提交或使用发布选项卡下提供的链接来重现任何版本的 BAAD。例如，重现数据库v1.0.0，对应Ecology中的论文和提交给Ecology的稿件：
git checkout v1.0.0
然后在R中运行
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
我们欢迎对 BAAD 做出进一步的贡献。
如果您想贡献数据，则要求是
请参阅这些说明，了解如何准备和提交您的贡献。
一旦提供了足够的额外数据，我们计划提交第一篇数据论文的更新，邀请自第一篇数据论文以来做出贡献的任何人作为共同作者。
我们非常感谢所有贡献数据的人。我们还要感谢以下支持数据汇编的资金来源。 DS Falster、A. Vårhammer 和 DR Barneche 受聘于 ARC 向 Falster (DP110102086) 提供的发现资助以及向 RA Duursma 提供的 UWS 启动资助。 RG FitzJohn 得到了科学与工业捐赠基金 (RP04-174) 的支持。 MI Ishihara 得到了日本环境省环境研究和技术开发基金 (S-9-3) 的支持。
