intervene

干预

用于交叉和可视化多个基因或基因组区域集的工具

文档

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安装

使用Conda快速安装

conda install -c bioconda intervene

这将安装所有依赖项，您就可以使用 Intervene 了。

使用 pip 安装

您可以使用 pip 从 PyPi 安装 Intervene。

从 PyPi 安装：

 pip install 干预

注意：如果使用 pip 安装，请确保安装下面列出的 BEDTools 和 R 软件包。

Intervene 需要以下 Python 模块和 R 包：

• Python（=> 3.3）：https://www.python.org/
• BedTools（最新版本）：https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools（> = 0.7.9）：https://daler.github.io/pybedtools/
• 熊猫（>= 0.16.0）：http://pandas.pydata.org/
• Seaborn（>= 0.7.1）：http://seaborn.pydata.org/
• R（>= 3.0）：https://www.r-project.org/
• R 软件包包括 UpSetR (v1.4.0)、corrplot

安装 BEDTools

我们使用 pybedtools，它是 BEDTools 的 Python 包装器。因此，在使用 Intervene 之前应安装 BEDTools。建议使用最新版本，但如果您已经安装了旧版本，应该没问题。

如果您安装了 conda，则可以快速安装。

conda install -c bioconda bedtools

请阅读 https://github.com/arq5x/bedtools2 上的说明来安装 BEDTools，并确保它位于您的路径上，并且您可以从任何目录调用 bedtools。

安装所需的 R 包

Intervene 需要三个 R 包：UpSetR、用于可视化的 corrplot 和 Cairo 来生成高质量的矢量和位图。

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

从源安装 Intervene

您可以使用 GitHub 或 Bitbucket 中的git安装开发版本。

从 Bitbucket 安装开发版本

如果您安装了 git，请使用以下命令：

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

从 GitHub 安装开发版本

如果您安装了 git，请使用以下命令：

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

如何使用干预

安装 Intervene 后，您可以输入：

intervene --help

这将显示以下帮助消息。

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

要查看这三个子命令的帮助，请输入pairwise 、 venn和upset ：

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

对测试数据运行干预

要使用示例数据运行 Intervene，请使用以下命令。要访问测试数据，请确保您具有sudo或root访问权限。

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

如果您从源代码本地安装了 Intervene，则可能无法找到测试数据。您可以在此处下载测试数据 https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data 并使用-i而不是--test指向它。

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

上述三个测试命令将生成以下三个图形（a、b和c）。

默认情况下，您的结果将存储在当前工作目录中，并包含一个名为Intervene_results的文件夹。如果您希望将结果保存在特定文件夹中，您可以键入：

干预不安 --test --output ~/path/to/your/folder

互动闪亮应用程序

Intervene Shiny 应用程序可在 https://asntech.shinyapps.io/intervene 或 https://intervene.shinyapps.io/intervene 免费获取

Shiny 应用程序的源代码位于 https://github.com/asntech/intervene-shiny

支持

如果您有疑问或发现程序中存在任何错误，请写信给我们azez.khan[at]gmail.com

引用我们

如果您使用 Intervene，请引用我们： Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7