lightdock
0.9.4
LightDock是基于 Glowworm Swarm Optimization (GSO) 算法的蛋白质-蛋白质、蛋白质-肽和蛋白质-DNA 对接框架。
LightDock框架具有很强的通用性，有很多选项可供用户进一步开发和优化：它可以接受任何用户定义的评分函数，可以使用局部无梯度最小化，模拟可以从一开始就受到约束，集中于用户指定的相互作用区域，它支持受体和配体伴侣中的残基限制。
LightDock 协议和利用残留限制的更新已发表在《牛津生物信息学》杂志上。如果您在研究中使用 LightDock，请引用这些参考文献：
LightDock：一种新的多尺度蛋白质-蛋白质对接方法
布莱恩·希门尼斯-加西亚、豪尔赫·罗尔-图里斯、米格尔·罗梅罗-杜拉纳、米克尔·维达尔、丹尼尔·希门尼斯-冈萨雷斯和胡安·费尔南德斯-雷西奥
生物信息学，第 34 卷，第 1 期，2018 年 1 月 1 日，第 49-55 页，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock 走向信息驱动
豪尔赫·罗尔-图里斯、亚历山大·MJJ·邦万、布莱恩·希门尼斯-加西亚
生物信息学，btz642； doi：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
膜相关蛋白组件的综合建模
豪尔赫·罗尔-图里斯、布莱恩·希门尼斯-加西亚和亚历山大·MJJ·邦文
自然通讯11 , 6210 (2020); doi：https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
Lightdock 软件兼容并且已经过以下操作系统的测试：
尽管该协议的许多部分可能能够运行，但 Microsoft Windows 并未得到正式支持。请自行承担使用风险。如果您希望参与 Windows 版 LightDock 的测试和开发，请联系我们。
LightDock 具有以下依赖项：
可选的依赖项是：
安装 LightDock 的最快方法是使用pip ：
pip install lightdock如需开发和扩展 LightDock 代码，请遵循以下说明：
克隆此存储库：
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git请确保依赖项已安装（通过 pip、包管理器等）：
建议创建虚拟环境并安装：
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .如果不使用 pip 或 setuptools 进行开发，可以使用 bash 脚本来编译所有扩展：
cd lightdock
./setup.sh将以下行添加到~/.bashrc文件中，不要忘记更改/path/to/lightdock ：
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOME不要忘记应用更改：
source ~ /.bashrc您可以运行 LightDock 测试：
cd lightdock
nosetests有关如何运行 LightDock 协议的完整文档以及多个教程和用例，请访问 https://lightdock.org/tutorials。
LightDock 正在积极开发中，可能会出现一些问题，或者您可能需要额外的帮助才能运行 LightDock。在这些情况下，有两种主要方法可以获得帮助：
LightDock 可在 GPLv3 许可证下使用。有关更多详细信息，请参阅许可证文档。
