IDSL.CSA

IDSL.CSA

用于质谱数据分析的复合光谱分析（IDSL.CSA） R软件包已由代谢组学的综合数据科学实验室（IDSL.ME）开发了。该软件包可用于通过各种分析方法（例如仅MS1复合光谱反卷积分析（ CSA ），数据依赖性获取（ DDA ）和各种不依赖数据依赖性习得（ DIA ）在内的各种分析方法获得的破碎光谱的反卷积，包括MS ^E ，全离子碎片（AIF）和Swath-MS分析。 IDSL.CSA软件包的目的是协助简化数据分析过程并改善代谢组学和Exposomics领域的整体化学结构注释。

目录

• IDSL.CSA的功能
• 安装
• 工作流程
• 快速批处理示例
• Wiki
• 引用

IDSL.CSA的功能

1. 通过用户友好且描述良好的参数电子表格选择参数
2. 各种碎片数据分析（包括复合光谱分析（CSA），数据依赖性获取（DDA）和数据无关的获取（DIA））的峰值检测和色谱解剖学卷积（DIA）
3. 分析人口规模的不靶向研究（n> 500）
4. 使用Meta-Variables（例如Inchikey，笑容，前体类型，分子公式）在对齐的峰表上汇总的注释化学结构，取决于参考文献中的信息。这是仅由IDSL.CSA提供的非常独特的功能。要熟悉此统计质谱功能，请在IDSL.CSA参数电子表格中的Start选项卡中尝试Param0006 。
5. 除了生成批处理DDA光谱图外，还为DIA和CSA分析生成批次非靶向的排列提取的离子色谱图（EIC）图。
6. Windows和Linux环境中的并行处理
7. 与IDSL.FSA工作流集成，以注释各种类型的MSP文件并生成片段库。

安装

 install.packages("IDSL.CSA")

工作流程

在处理使用IDSL.CSA工作流程的质谱数据（ MZXML ， MZML ， NETCDF ）之前，应使用IDSL.IPA工作流程处理质谱数据，以获取峰（ M/Z-RT ）的色谱信息。当使用IDSL.IPA工作流生成单个和汇总对齐的峰列的色谱信息时，请下载IDSL.CSA参数电子表格，然后相应地选择参数，然后将此电子表格用作IDSL.CSA Workflow的输入：

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

快速批处理示例

请按照以下步骤进行快速案例研究（n = 33）ST002263，该案例具有Hilic-Esi-POS/NEG模式中收集的Thermo Q Extive HF混合轨道数据。

1. 使用针对IDSL.IPA描述的方法处理原始质谱数据和色谱信息

2. 复合光谱分析需要39个参数分布在5个单独的部分中才能进行全尺度分析。对于本研究，使用IDSL.CSA参数电子表格中介绍的默认参数值。接下来，提供信息

   2.1。在Start ”选项卡中为param0001选择“是”，以仅处理CSA工作流程。

   2.2。 HRMS数据位置地址（MS1级HRMS数据）的CSA0005

   2.3。 CSA0008，用于由IDSL生成的peaklists目录的地址

   2.4。 CSA0009用于由IDSL生成的peak_alignment目录的地址

   2.5。 CSA0011用于输出位置（.MSP文件和EICS）

   2.6。您还可以根据计算能力使用CSA0004增加处理线程的数量

3. 在r/rstudio控制台或终端中运行此命令：

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

4. 您可以在为CSA0011提供的地址解析结果。

   4.1。 CSA_MSP包含.msp文件

   4.2。 CSA_ADDUCT_ANNOTATION包括具有潜在加合物信息的峰列表

   4.3。 peak_alignment_subset包括每个CSA群集中主要离子的对齐峰表的子集

   4.4。 Aligned_spectra_table包括对齐表上CSA聚合的信息

Wiki

1. IDSL.CSA的CSA分析
2. IDSL.CSA的DDA分析
3. IDSL.CSA的DIA分析
4. 独特的光谱聚集

引用

[1] Fakouri Baygi，S.，Kumar，Y。Barupal，DK IDSL.CSA：无靶向代谢组学数据集化学注释的复合光谱分析。分析化学， 2023，95 （25） ，9480–9487。

[2] Fakouri Baygi，S.，Kumar，Y。Barupal，DK IDSL。 IPA表征了未靶向的LC/HRMS数据集中的有机化学空间。蛋白质组研究杂志， 2022，21 （6） ，1485-1494。