tgstat

TGSTAT

tgstat的目的是提供某些R功能（例如“ Cor”和“ Dist”）以及特定的统计工具的快速有效实现。

使用各种方法来提高性能，包括基本线性代数子程序（BLAS）库提供的优化功能的多处理和使用。

安装

从Cran安装：

 install.packages（“ TGSTAT”）

对于开发版本：

远程:: install_github（“ tanaylab/tgstat”）

例子

图书馆（TGSTAT）
set.seed（seed = 60427）行<-3000cols <-3000Vals < -  sample（1：（rows * cols / 2），cols / 2），行 * cols * cols，替换= t）m < - 矩阵（vals，nrow = row = lows，ncol，ncol = ncol = ncol = cols）m_with_nas <-mm_with_nas [示例（1：（rows * cols），行 * cols / 10）] <-nadim（m）＃> [1] 3000 3000

快速计算相关矩阵

皮尔逊没有blas的相关性，没有NAS：

选项（tgs_use.blas = f）
System.Time（TGS_COR（M））＃>用户系统经过＃> 106.865 1.951 2.331

与Blas一样：

 ＃tgs_cor，带有blas，no nas，pearsonoptions（tgs_use.blas = t）
System.Time（TGS_COR（M））＃>用户系统经过＃> 4.228 0.324 0.809

基本R版本：

 System.Time（COR（M））＃>用户系统经过＃> 21.780 0.078 21.857

Pearson相关性没有Blas，与NAS：

选项（tgs_use.blas = f）
system.time（tgs_cor（m_with_nas，pairwise.complete.obs = t））＃>用户系统经过＃> 158.846 2.687 3.164

与Blas一样：

选项（tgs_use.blas = t）
system.Time（tgs_cor（m_with_nas，pairwise.complete.obs = t））＃>用户系统经过＃> 11.286 1.173 0.803

基本R版本：

 system.Time（COR（M_WITH_NAS，use =“ pairwise.complete.obs”）＃>用户系统经过＃> 311.627 0.182 311.823

距离矩阵的快速计算

没有Blas的距离，没有NAS：

选项（tgs_use.blas = f）
System.Time（TGS_DIST（M））＃>用户系统经过＃> 354.742 2.509 5.002

与Blas一样：

选项（tgs_use.blas = t）
System.Time（TGS_DIST（M））＃>用户系统经过＃> 7.407 0.656 0.462

基础r：

 System.Time（DIST（M，方法=“ Euclidean”））＃>用户系统经过＃> 164.197 0.077 164.280

关于BLAS的说明

当R与优化的BLAS实现链接时， tgstat运行最佳。

提供了许多优化的BLAS实现，包括专有（例如Intel的MKL，Apple的Veclib）和OpenSource（例如OpenBlas，Atlas）。不幸的是，R默认情况下通常使用参考Blas实现，该实现的性能差。

让tgstat依靠参考文献会导致非常差的性能，并且强烈灰心。如果您的R实现使用优化的BLA，请设置options(tgs_use.blas=TRUE)以允许tgstat进行BLAS调用。否则，设置options(tgs_use.blas=FALSE) （默认）（默认值），该选项指示tgstat避免使用Blas，而仅依靠其自己的优化方法。如有疑问，可以运行tgstat CPU密集型功能之一（例如tgs_cor ），并在这两个options(tgs_use.blas=FALSE)下比较其运行时间。

将R与优化BLAS库链接的确切说明取决于系统，并且不超出本文档的范围。