bsub

LSF群集的提交器和监控器

它将R代码/R脚本/Shell命令发送到LSF群集而不离开R。

安装

直接来自克兰：

install.packages( " bsub " )

或来自github：

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

文档

在线文档可在https://jokergoo..github.io/bsub/上获得。

提交工作

直接提交R块：

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

提交R脚本：

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

提交外壳命令：

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

杀死工作：

bkill( job_id )

工作依赖性

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

查看工作信息

查看工作摘要：

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

工作查询的一个示例如下：

查看作业日志：

job_log( job_id )

交互式工作监视器

monitor()

工作摘要表：

作业日志：

工作依赖图：

执照

MIT @ Zuguang Gu