VARUS

VARUS：从RNA-Seq库中绘制不同的样品

Varus最初是由威利·布鲁恩（Willy Bruhn）撰写的，是马里奥·斯坦克（Mario Stanke）监督的学士学位论文。该存储库是https://github.com/willybruhn/varus于2018年11月制作的副本，其中包含许多错误文件，增量内含子数据库功能以及用于使用HISAT AL替代对准程序的扩展程序。

VARUS自动选择和下载有限数量的RNA-seq读取的NCBI序列读取档案（SRA），其针对许多基因的覆盖范围足够高，以进行基因 - 芬德训练和基因组注释。在线算法的每次迭代

• 选择下载的运行，预计将补充先前下载的读数
• 从fastq-dump下载读取（“批次”）样本
• 将读物与星或hisat保持一致
• 评估对齐方式

安装

Linux

调用命令行中的以下命令以克隆存储库：

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

变量取决于

• samtools，
• BAMTools，在Ubuntu上安装使用sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev
• fastq-dump和
• Star或HISAT2（用HISAT 2，版本2.0.0-beta进行测试）

手动编译杂色

 cd Implementation
make

禁用NCBI缓存

默认情况下，NCBI工具fastq-dump在~/ncbi下创建与下载数据的运行文件相同的临时文件，即使仅下载了一个小部分。禁用这种缓存行为，对于大多数使用

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

入门

例子

更改为目录example ，并按照示例/读书中的说明进行操作。

运行变量

将文件VARUSparameters.txt从示例文件夹复制到您的工作目录，并在必要时进行调整：

最重要的参数：

- 截面规定在每次迭代中应下载多少次读取（例如50000或200000）

- 最大键盘指定最多应下载多少批次

最终输出是一个分类的剪接对齐文件（所有批次）称为varus.bam 。

参考

请引用：VARUS：采样互补的RNA从序列读取存档中读取。 2019; BMC生物信息学，20：558

pag2019的变量

学士学位论文

找到对应于 /doc /论文的变量的威利·布鲁恩（Willy Bruhn）的学士学位。