SIQ

SIQ

序列审问和资格可以在目标测序数据上进行分析。 SIQ创建了一个突变曲线，可以使用SIQPLOTTER进行交互可视化。它是用Java编写的，以便任何具有计算机的人都可以使用此程序来分析其序列。我们已经为没有信息的背景的任何人设计并实施了此工具，以便能够分析NGS数据。

有关详细的用户指南，请下载并阅读：

用户指南

此外，您还可以观看我们为您提供的视频动物，以使运行SIQ变得容易：

视频教程

如果您观看了所有视频，请阅读整个用户指南，并且仍然存在运行SIQ或分析数据的问题，请在此处解决问题或给我们发送电子邮件。有关联系方式，请参见SIQ纸。

对于那些希望进一步关注读书我的人，我们在下面包括了一个简短的用户指南：

内容

• 安装
• 运行SIQ
• 用SIQPLOTTER分析数据
• 故障排除
• 视频教程

安装

• 在此处下载最新的Java .jar文件，其中包含此存储库中的SIQ

从此存储库下载最新的.jar文件。您可以双击它，它应该直接工作。您唯一需要的是工作Java版本（1.8及以上）。请确保安装64位版本的Java。在此处下载并安装Java

注意：大多数操作系统（例如MacOS和Windows）不信任来自Internet的任何文件。对于MacOS，请按住“控制” +单击JAR文件以打开它。此通知仅出现第一次。

运行SIQ

启动SIQ时，您应该看到以下屏幕：

SIQ可用于分析以下数据类型：

• Sanger序列（.AB1文件）（注意：只能分析包含单个突变的Sanger序列）
• Illumina单和配对末端序列数据（.fastq或.fastq.gz文件）
• PACBIO数据（.fastq或.fastq.gz文件）
• ONT数据（.fastq或.fastq.gz文件）注意：请确保检查选项“启用长阅读分析（PACBIO/ONT）'

设置目标测序实验时，通常会使用两个引物来扩大您感兴趣的轨迹。此外，您（可选）预期了实验的目标站点。例如，如果您使用CRISPR cas9，cas13，i-SCEI或任何其他酶来靶向DNA，则是这种情况。我们还使用SIQ分析了G-四链体序列的不同位点，例如转子位点，位点。 SIQ将这些位置用于1）尝试在此位置最好识别序列改变。 2）确保您的PCR引物从预期的位置放大（请参见下面的过滤器）。

SIQ具有以下输入的可能性：

• R1-测序文件（必需）
• R2-配对端测序文件。如果提供的SIQ将使用Flash（可选）合并R1和R2
• 参考 - 以FastA格式包含您的DNA序列的参考文件。如果提供，也需要包含底漆序列。将参考文件保持较小，因为这确定了SIQ的运行时（必需）
• 别名 - 您的样本名称（必需）
• 左侧 - 仅接触您预期的目标位点的DNA延伸。有关图形示例，请参见下文（需要，请参见侧面）
• 右侧 - 仅接触您预期的目标位点的DNA延伸。有关图形示例，请参见下文。例如，对于Cas9刻度酶，这可以指定第二个SGRNA目标位点（必需）
• #base过去的底漆 - 序列读取的基础数量至少必须传递底漆以作为真实事件包含。该过滤器在那里确保您的底漆在DNA的目标位点退火（默认值：5，0禁用此过滤器）

可选设置：

• 最大读取要分析 - 您希望SIQ分析每个样本的最大读取数（0是无限的）
• 最小支持 - 必须将事件视为SIQ输出的一部分（默认：2）
• 最大基本错误 - 要分析读取中允许的最大每个基本错误（默认值：0.05）
• 最大CPU- CPU SIQ的最大数量可以在任何给定时间使用。请注意，SIQ每个文件最多使用1 CPU（默认：ALL）
• TINS搜索距离 - 与事件交界处的距离相对于搜索空间包含的事件交界处，以搜索插入的来源。罐子是模板插入（默认：100）

SIQPLOTTER

当SIQ分析您的样本时，它将导致Excel文件。此Excel文件可以上传并直接通过SIQPLOTTER可视化

上传到SIQPLOTTER

有关如何使用SIQPLOTTER的更多详细信息，请参见用户指南或视频教程。

故障排除

SIQ不启动

问题可能是您没有安装Java的（正确的）Java。确保您下载并安装最新的Java版本：

下载Java

SIQ仍然没有开始

从终端中启动SIQ（Windows中的命令提示符）：

1. 启动终端
2. 转到SIQ JAR文件所在的目录（例如下载）： cd Downloads
3. start siq（在此示例中，文件为siq_1.0.jar： java -jar SIQ_1.0.jar
4. 将输出作为问题发布。

SIQ不适用于需要合并配对末端读取的文件

您操作系统所需的程序闪存似乎无法正常工作。启动SIQ时，将Flash复制到SIQ正在运行的目录。可能是该程序对您的操作系统不起作用。请检查以下commmands的输出，以查看Flash是否在工作

1. 启动终端
2. 转到SIQ JAR文件所在的目录（例如下载）： cd Downloads
3. 像这样运行闪光灯（Linux/MacOS）

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. 如果输出不同，请将输出作为问题发布。请参阅《用户指南》以获取更多选项

视频教程

视频1。下载和安装SIQ

视频2。在数据上运行SIQ

视频3。运行SIQ，并带有HDR引用以检测编辑

视频4。高级SIQ选项

视频5。使用SIQPLOTTER分析数据