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mctc lib

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version 0.3.2

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模块化计算工具链库

安装

要从此存储库中的源代码构建此项目，您需要拥有一个支持Fortran 2008的Fortran编译器，也需要一个受支持的构建系统之一：

Meson版本0.55或更新，具有构建系统后端，即忍者版本1.7或更新
CMAKE版本3.14或更新，具有构建系统后端，即忍者1.10版或更新
FPM版本0.3.0或更新

目前，该项目支持GCC，Intel和PGI/NVHPC编译器。

用梅森建造

与

 meson setup _build

您可以通过FC环境变量选择FORTRAN编译器。编译项目运行

 meson compile -C _build

您可以使用

 meson test -C _build --print-errorlogs

要在项目中加入mctc-lib将以下包装文件添加到您的子标题目录：

 [wrap-git]
directory = mctc-lib
url = https://github.com/grimme-lab/mctc-lib
revision = head

您可以从包装后返回中检索依赖性

mctc_dep = dependency ( ' mctc-lib ' , fallback : [ ' mctc-lib ' , ' mctc_dep ' ])

并将其添加为目标的依赖性。

用Cmake建造

另外，可以使用CMAKE构建此项目（在这种情况下，需要忍者1.10或更新）：

 cmake -B _build -G Ninja

用Cmake Run编译项目

 cmake --build _build

您可以使用

 pushd _build && ctest && popd

要在您的CMAKE项目中加入mctc-lib请使用FetchContent模块检索它：

 if ( NOT TARGET mctc-lib)
  set ( "mctc-lib-url" "https://github.com/grimme-lab/mctc-lib" )
  message (STATUS "Retrieving mctc-lib from ${mctc-lib-url} " )
  include (FetchContent)
  FetchContent_Declare(
    "mctc-lib"
    GIT_REPOSITORY " ${mctc-lib-url} "
    GIT_TAG "HEAD"
  )
  FetchContent_MakeAvailable( "mctc-lib" )
endif ()

并针对"mctc-lib"接口库链接。

 target_link_libraries ( " ${PROJECT_NAME} -lib" PUBLIC "mctc-lib" )

用FPM建造

在项目根中调用FPM

 fpm build

运行测试套件

 fpm test

您可以使用运行子命令访问mctc-convert程序

 fpm run -- --help

使用mctc-lib进行测试

[ dependencies ]
mctc-lib.git = " https://github.com/grimme-lab/mctc-lib "

例子

mctc-convert程序提供了一个示例应用程序，以在不同支持的输入格式之间转换。

要使用IO库读取输入文件，请使用read_structure例程。最终的几何数据存储在structure_type中：

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call read_structure(mol, " input.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

环境库使用可分配的error_type提供了基本的错误回传通机制，该机制将传递给库例程。通常，读者可以从文件名的后缀中检测文件类型。另外， filetype Enumerator提供了所有受支持的文件类型的标识符，可以将其作为可选参数传递给read_structure例程。

以类似的方式， write_structure例程允许将structure_type写入文件或单元：

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call write_structure(mol, " output.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

mctc-convert程序提供了一个锁定的读者和作家呼吁，以充当几何文件转换器。在app/main.f90中查看实现。

错误报告

几何输入读取器试图提供有用的错误消息，任何用户都不应单独使用无效输入等错误消息。不清楚的错误消息被认为是MCTC-LIB中的错误，如果您难以理解报告的错误，请提出问题，我们将使报告更好。

有用的错误消息如何看起来像？这是一些例子。

XYZ文件中声明的原子数负数

 Error: Impossible number of atoms provided
 --> struc.xyz:1:1-2
  |
1 | -3
  | ^^ expected positive integer value
  |

总收费未指定为整数

 Error: Cannot read eht entry
  --> struc.coord:18:13-15
   |
18 | $eht charge=one unpaired=0
   |             ^^^ expected integer value
   |

固定宽度条目包含一个不正确的值

 Error: Cannot read charges
  --> struc.mol:29:23-25
   |
29 | M  CHG  3   1   1   3   b   2  -1
   |                       ^^^ expected integer value
   |

与数据组相互矛盾的涡轮摩尔输入

 Error: Conflicting lattice and cell groups
  --> struc.coord:37:1-5
   |
35 | $lattice angs
   | -------- lattice first defined here
   :
37 | $cell angs
   | ^^^^^ conflicting cell group
   |

在显示错误消息时，我们会尝试保留尽可能多的信息，以使其易于修复输入中的有问题的部分。