brainways

大脑

什么是大脑？

Beainways是一种基于AI的工具，用于基于冠状切片中荧光的自动登记，定量和生成大脑活动网络。

为什么要重车？

冠状切片的注册，细胞定量和实验条件之间的全脑对比度分析应轻松从单个软件中访问，而无需编程经验。应具有高度灵活的Pythonic后端，应轻松定制。

入门

要安装和运行大脑，请在Python环境中运行以下内容：

pip install brainways
brainways ui

遵循我们的入门指南以获取更多详细信息。

它如何工作

Beainways允许用户通过以下几个简单的步骤进行注册，量化和提供统计对比分析：

1. 将冠状切片的刚性注册到3D地图集。
2. 将冠状切片的非刚性注册到3D地图集，以说明采集程序的个人差异和缺陷。
3. 细胞检测（使用Stardist）。
4. 每个大脑区域的细胞计数定量。
5. 统计分析：
   • 方差分析分析。
   • PLS（部分最小平方）分析。
   • 网络图创建。

建筑学

大脑被实施为三个模块。 brainways.ui包含GUI实现，作为Napari插件。 brainways.ui正在使用brainways作为后端。所有功能均在Beainways软件包中实现。进行这种分离是为了确保Beainways是一种GUI-AGNOSTIC软件，并且可以通过Python代码完全访问和操纵，以允许自定义复杂的使用场景。用于训练，评估和运行自动注册模型的代码位于brainways-reg-model中。

发展状况

大脑是由以色列特拉维夫大学Bartal Lab的Ben Kantor积极开发的。我们的版本可以在这里找到。

引用

如果您使用大脑，请引用Kantor和Bartal（2023）：

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}

执照

按照GNU GPL v3.0许可条款分发，“ Beainways”是免费的开源软件

问题

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