天狼星
SIRIUS
我們的方法作為免費資源提供給科學界。禁止出於商業目的（重新）分發全部或部分方法。 Böcker 集團託管的 SIRIUS 網路服務（CSI:FingerID、CANOPUS、MSNovelist 等）僅用於學術研究和教育用途。詳情請查看學術版的服務條款。對於非學術用戶，Bright Giant GmbH 提供許可證和所有相關服務。我們要求我們工具的使用者在任何最終出版物中引用相應的論文。
SIRIUS 是一個基於 Java 的軟體框架，用於分析代謝物和其他「具有生物意義的小分子」的 LC-MS/MS 數據。 SIRIUS 整合了我們的一系列工具，包括 CSI:FingerID（與 COSMIC）、ZODIAC、CANOUS。特別是，SIRIUS 的圖形使用者介面和命令列版本無縫整合了 CSI:FingerID、CANOPUS 和 MSNovelist Web 服務。
SIRIUS 的主要開發商是 Böcker 集團和 Bright Giant GmbH
線上文件
影片教學
關於使用 SIRIUS 4 的書籍章節（預印本）－不涵蓋新的 LC-MS/MS 處理選項
示範數據
出版物和簡報的徽標
對於 Windows（64 位元）：msi / zip
對於 Mac（64 位元）：pkg / zip
對於 Linux（64 位元）：zip
所有（包括以前的）版本都可以在這裡找到。
對於 Windows 和 MacOS，應首選 SIRIUS (msi/pkg) 安裝程式版本，但可能需要管理員權限。
由於我們不向 Microsoft/Apple 支付認證費用，因此在使用 Böcker 集團提供的安裝程式時，您可能必須確認您想要信任 Windows/MacOS 上的「來自未知來源的軟體」。因此，我們強烈建議使用 Bright Giant 提供的簽章安裝程式（也在上面連結）。這些安裝程式不會觸發（或觸發較少）相應作業系統的安全性問題，從而簡化了安裝過程。
有關詳細信息，請參閱文件。
使用者帳戶可以直接透過 SIRIUS GUI 建立。請使用您的機構電子郵件地址。 SIRIUS 網路服務免費提供學術/非商業用途。通常學術機構會透過其電子郵件網域進行識別，並且將自動授予存取權限。在某些情況下，可能需要進一步驗證您的學術/非商業目的。另請參閱 SIRIUS 文件 - 帳戶和許可證。
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SIRIUS-API Java SDK
SIRIUS-API SDK
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碎片樹和光譜可以直接從 SIRIUS 上傳到 CSI:FingerID、CANOPUS 和 MSNovelist Web 服務。結果從 Web 服務檢索並可顯示在 SIRIUS 圖形使用者介面中。此功能也可用於 SIRIUS 命令列工具。 CSI:FingerID 預測器的訓練結構可透過 CSI:FingerID Web API 取得：
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructs?predictor=1（正離子模式的訓練結構）
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructs?predictor=2（負離子模式的訓練結構）
串聯質譜的手動解釋既耗時又重要。 SIRIUS 分析碎片模式，產生假設的碎片樹，其中節點以碎片的分子式註釋，弧（邊）代表碎片事件（遺失）。 SIRIUS 可以對元素組成以外的小化合物 MS 數據進行自動化和高通量分析，而無需化合物結構或質譜資料庫。
SIRIUS 透過對高解析度質譜中的同位素模式進行排序，推導出小化合物的分子式。預處理後，質譜儀的輸出是與樣品分子的質量及其豐度相對應的峰值列表。原則上，小分子的元素組成可以只使用精確的質量來識別。然而，即使具有非常高的質量精度，許多公式也是在較高質量區域中獲得的。高解析度質譜分析使我們能夠以極高的精度確定樣品分子的同位素模式，並應用該資訊來識別樣品分子的元素組成。 SIRIUS 可以作為圖形使用者介面（請參閱 Sirius GUI）或命令列工具下載。
Kai Dührkop、Markus Fleischauer、Marcus Ludwig、Alexander A. Aksenov、Alexey V. Melnik、Marvin Meusel、Pieter C. Dorrestein、Juho Rousu 和 Sebastian Böcker。 SIRIUS 4：將串聯質譜轉化為代謝物結構資訊。自然方法16, 299–302, 2019。
邁克爾·斯特拉夫斯 (Michael A. Stravs) 和凱·杜爾科普 (Kai Dührkop)、塞巴斯蒂安·博克 (Sebastian Böcker) 和尼古拉·贊博尼 (Nicola Zamboni)。 MSNovelist：從質譜中從頭產生結構。 NatureMethods 19, 865–870, 2022。
馬丁‧霍夫曼(Martin A. Hoffmann)、路易‧費利克斯‧諾蒂亞斯(Louis-Félix Nothias)、馬庫斯‧路德維希(Marcus Ludwig)、馬庫斯‧弗萊肖爾(Markus Fleischauer)、艾蜜莉‧C‧金特里(Emily C. Gentry)、麥可‧威廷(Michael Witting)、彼得‧C‧多雷斯坦(Pieter C. Dorrestein)、凱‧杜爾科普( Kai Dührkop) 與塞巴斯蒂安‧博克(Sebastian Böcker)。對譜庫中缺少的代謝物進行高可信度結構註釋。 Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022 （如果您使用的是： CSI:FingerID 、 COSMIC ，請引用）
Kai Dührkop、Louis-Félix Nothias、Markus Fleischauer、Raphael Reher、Marcus Ludwig、Martin A. Hoffmann、Daniel Petras、William H. Gerwick、Juho Rousu、Pieter C. Dorrestein 和 Sebastian Böcker。使用高解析度碎片質譜對未知代謝物進行系統分類。 Nature Biotechnology ，2020 。
雅尼克·朱姆布·費南、羅曼·艾斯納、克雷格·諾克斯、列昂尼德·切佩列夫、詹娜·黑斯廷斯、加雷斯·歐文、歐文·法伊、克里斯托夫·史坦貝克、香卡·薩勃拉曼尼安、艾文·博爾頓、羅素·格雷納、大衛·S·威沙特。 ClassyFire：具有全面、可計算分類法的自動化化學分類。 Journal of Cheminformatics 8 , 61 , 2016。
馬庫斯·路德維格、路易斯-費利克斯·諾蒂亞斯、凱·杜爾科普、伊琳娜·科斯特、馬庫斯·弗萊肖爾、馬丁·A·霍夫曼、丹尼爾·佩特拉斯、費爾南多·巴爾加斯、穆斯塔法·莫爾西、利希尼·阿魯維哈雷、彼得·C·多雷斯坦、塞巴斯蒂安·博克。透過 ZODIAC 使用吉布斯採樣進行獨立於資料庫的分子式註釋。 Nature Machine Intelligence 2, 629–641 , 2020。
凱·杜爾科普和塞巴斯蒂安·博克。碎片樹重新載入。 Journal of Cheminformatics 8 , 5, 2016。
Kai Dührkop、沉慧斌、Marvin Meusel、Juho Rousu 和 Sebastian Böcker。使用 CSI:FingerID 透過串聯質譜搜尋分子結構資料庫。 Proceedings of the National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585 , 2015。
塞巴斯蒂安·博克、馬蒂亞斯·C·萊澤爾、祖薩娜·利普塔克和安東·佩爾武欣。 SIRIUS：分解同位素模式以進行代謝物鑑定。 Bioinformatics 25(2), 218-224, 2009 （引用此內容進行同位素模式分析）
邢世培、沈三、徐邦華、李瀟瀟和陶歡。 BUDDY：透過由下而上的 MS/MS 詢問發現分子式。 NatureMethods 20, 881–890, 2023。
馬庫斯·路德維希、凱·杜爾科普、塞巴斯蒂安和博克。透過分子指紋進行質譜代謝物鑑定的貝葉斯網絡。生物資訊學，34(13)：i333-i340。 2018. 程序。分子生物學智能係統 (ISMB 2018)。 （引用 CSI：FingerID 評分）
W. Timothy J. White、Stephan Beyer、Kai Dührkop、Markus Chimani 和 Sebastian Böcker。快速的彩色子樹。在過程中。計算與組合學會議 (COCOON 2015) ， Lect Notes Comput Sci第 9198 卷，第 310-322 頁。 Springer，柏林，2015 年。
沉慧斌、凱·杜爾科普、塞巴斯蒂安·博克和尤霍·魯蘇。透過碎片樹上的多核學習進行代謝物識別。生物資訊學，30（12）：i157-i164，2014。分子生物學智能係統(ISMB 2014)。 （介紹CSI:FingerID 背後的機制）
伊姆蘭·勞夫、弗洛里安·拉什、弗朗索瓦·尼古拉斯和塞巴斯蒂安·博克。在實踐中尋找最大彩色子樹。 J Comput Biol , 20(4): 1-11 , 2013。
海諾寧，M.；沉H.；贊博尼，N.； Rousu, J.透過機器學習進行代謝物辨識和分子指紋預測。生物資訊學，2012 卷。 28，nro 18，第 2333-2341 頁。 （介紹了從串聯 MS 資料預測分子指紋的想法）
Florian Rasche、Aleš Svatoš、Ravi Kumar Maddula、Christoph Böttcher 和 Sebastian Böcker。從串聯質譜資料計算碎片樹。分析化學（2011）83（4）：1243–1251。 （引用此內容來介紹 SIRIUS 使用的碎片樹）
塞巴斯蒂安·博克和弗洛里安·拉什。透過分析串聯質譜從頭鑑定代謝物。生物資訊學（2008）24（16）：i49-i55。 （第一篇提到 SIRIUS 使用的碎片樹的論文）
從版本 4.4.27 開始，SIRIUS 根據 GNU Affero 通用公共授權 (GPL) 獲得許可。如果您將 SIRIUS 整合到其他軟體中，我們強烈建議您將 SIRIUS 的使用以及引用的文獻對使用者透明。
