半經驗擴展緊束縛程序包
這是由位於波昂的 Grimme 小組開發的xtb
程式包的官方儲存庫。
安裝
靜態連結的二進位(英特爾編譯器)可以在最新版本頁面找到,提供了適用於 Linux(英特爾 18.0.2、GLIBC 2.19)和 Windows(英特爾 2022)的版本。 xtb
程式和函式庫打包在適用於 Linux(x86_64、aarch64、ppc64le)和 MacOS(x86_64、arm64)的 conda-forge 上。對於自製程式用戶,可以在 grimme-lab/homebrew-qc 上使用自訂水龍頭,提供預先建置的 MacOS/x86_64 二進位文件,對於 MacOS/arm64 二進位檔案將在安裝時自動編譯。
此儲存庫中最新原始程式碼的前沿版本(僅限 Linux)可透過連續版本標籤取得。
該專案支援兩種建置系統:meson 和 CMake。此處給出了有關每種用法的簡短指南,請按照連結的說明獲取更詳細的資訊(介子指南、CMake 指南)。
編譯器:
- ifort(<=2021.10.0), icc(<=2021.10.0)
- 海灣合作委員會
介子
使用介子作為建置系統需要您安裝相當新的版本,例如 0.62 或更高版本。若要使用介子的預設後端,您必須安裝 ninja 版本 1.7 或更高版本。
export FC=ifort CC=icc
meson setup build --buildtype release --optimization 2 -Dfortran_link_args= " -qopenmp "
ninja -C build test
重要的
macOS 上的meson
編譯與基於 Linux 的系統的協定略有不同。在極少數情況下,不同的 BLAS 庫可能會導致結果偏差 - 請遵循以下說明。
在 macOS 上設定介子
在 macOS 上使用介子編譯
- 使用 Homebrew 進行套件管理:使用 Homebrew 安裝
gcc
、 gfortran
和openblas
等相依性。有關如何設定brew
更多資訊。例子: brew install gcc gfortran openblas
- 使用適當的環境變數進行介子設定呼叫:使用以下改編的
meson setup
呼叫在 macOS 上編譯xtb
。顯然,您的系統上庫的路徑可能有所不同。 LDFLAGS= " -L/opt/homebrew/opt/openblas/lib " CPPFLAGS= " -I/opt/homebrew/opt/openblas/include " FC=gfortran-14 CC=gcc-14 meson setup _build --buildtype release -Dlapack=openblas
確保測試套件運行時沒有錯誤。
要將xtb
進位檔案安裝到/usr/local
使用(可能需要sudo
)
有關使用介子構建的更多信息,請參閱此處的說明。
CMake
CMake 建置系統需要安裝 make 和 CMake,後者必須是 3.9 或更高版本。
使用 CMake 建置xtb
可使用下列指令鏈:
cmake -B build -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make -C build
make -C build test
要將xtb
進位檔案安裝到/usr/local
使用(可能需要sudo
)
有關使用 CMake 構建的更多詳細信息,請參閱此處的說明。
康達
從conda-forge
頻道安裝xtb
可以透過將conda-forge
加入您的頻道來實現:
conda config --add channels conda-forge
啟用conda-forge
頻道後,可以使用下列指令安裝xtb
:
可以透過以下方式列出您平台上可用的所有xtb
版本:
conda search xtb --channel conda-forge
文件
xtb
文檔託管在 read-the-docs。
貢獻
在為該專案做出貢獻之前,請閱讀我們的貢獻指南。
貢獻者
我們正在開發這個程式以使我們的研究成為可能。 xtb
今天添加的許多功能都是因為迫切需要它們,並且我們有許多貢獻者使這些功能成為現實:
- P·阿特金森 (@patrickatkinson)
- C. Bannwarth (@cbannwarth)
- F.Bohle (@fabothch)
- G.勃蘭登堡 (@gbrandenburg)
- E.卡爾德威 (@f3rmion)
- M·切欽斯基
- S.多姆 (@thch-dohm)
- S.埃勒特 (@awvwgk)
- S·埃利希
- I.格拉西莫夫 (@foxtran)
- S.Grimme (@stefangrimme)
- C.霍爾澤 (@hoelzerC)
- A.卡特巴舍夫(@Albkat)
- J.庫普曼(@JayTheDog)
- C.拉文格 (@clavigne)
- S.Lehtola (@susilehtola)
- F·馬茲
- M.穆勒 (@marcelmbn)
- F.穆齊爾 (@felixmusil)
- H.紐格鮑爾 (@haneug)
- J·皮薩雷克
- C.普萊特 (@cplett)
- P·普拉赫特 (@pprcht)
- F.普爾塔 (@pultar)
- J.塞伯特(@liljay42)
- P·舒什科夫
- S.斯皮切爾(@sespic)
- M.斯塔恩 (@MtoLStoN)
- M.斯坦納(@steinmig)
- T.斯特倫克 (@timostrunk)
- J.Stückrath (@jbstueckrath)
- T·羅斯 (@Thomas3R)
- J.Unsleber (@nabbelbabbel)
貢獻者按字母順序列出。有些貢獻早於該專案的 GitHub 發布,並且在儲存庫提交歷史記錄中不可見。有關此後提交歷史記錄中的貢獻者數據,請查看此處。
引文
對xtb
和實施的 GFN 方法的一般參考:
- C. Bannwarth、E. Caldeweyher、S. Ehlert、A. Hansen、P. Pracht、J. Seibert、S. Spicher、S. Grimme WIREs 計算。摩爾。科學。 , 2020 , 11, e01493。 DOI:10.1002/wcms.1493
對於 GFN-xTB:
- S. Grimme、C. Bannwarth、P. Shushkov、 J. Chem。理論計算。 , 2017 , 13, 1989-2009。 DOI:10.1021/acs.jctc.7b00118
- C. Bannwarth、S. Ehlert 和 S. Grimme.、 J. Chem。理論計算。 , 2019 , 15, 1652-1671。 DOI:10.1021/acs.jctc.8b01176
- P. Pracht、E. Caldeweyher、S. Ehlert、S. Grimme, ChemRxiv , 2019 年,預印本。 DOI:10.26434/chemrxiv.8326202.v1
對於 GFN-FF:
- S. Spicher 和 S. Grimme, Angew。化學。國際。埃德。 , 2020 , 59, 15665–15673 DOI: 10.1002/anie.202004239
對於 GBSA 和 ALPB 隱式溶劑化:
- S. Ehlert、M. Stahn、S. Spicher、S. Grimme、 J. Chem。理論計算。 , 2021 , 17, 4250-4261 DOI: 10.1021/acs.jctc.1c00471
對於 ddCOSMO 和 CPCM-X 隱式溶劑化:
- M.Stahn、S.Ehlert、S.Grimme、 J.Phys。化學。 A , 2023 年,XX,XXX-XXX DOI:10.1021/acs.jpca.3c04382
對於 DFT-D4:
- E. Caldeweyher、C. Bannwarth 和 S. Grimme、 J. Chem。物理。 , 2017 , 147, 034112. DOI: 10.1063/1.4993215
- E. Caldeweyher、S. Ehlert、A. Hansen、H. Neugebauer、S. Spicher、C. Bannwarth 和 S. Grimme、 J. Chem。物理。 , 2019 , 150, 154122. DOI: 10.1063/1.5090222
- E.卡爾德威赫,J.-M。 Mewes、S. Ehlert 和 S. Grimme,物理學家。化學。化學。物理。 , 2020 , 22, 8499-8512。 DOI:10.1039/D0CP00502A
對於 sTDA-xTB:
- S. Grimme 和 C. Bannwarth, J. Chem。物理。 , 2016 , 145, 054103. DOI: 10.1063/1.4959605
在質譜範圍內:
- V. Asgeirsson、C. Bauer 和 S. Grimme,化學。科學。 , 2017 , 8, 4879.DOI: 10.1039/c7sc00601b
- J. Koopman 和 S. Grimme, ACS Omega , 2019 年,4, 12, 15120-15133。 DOI:10.1021/acsomega.9b02011
- J. Koopman 和 S. Grimme, J. Am。蘇克。質譜。 , 2021 , 32, 7, 1735-1751。 DOI:10.1021/jasms.1c00098
有關元動力學,請參閱:
- S. Grimme, J. Chem。理論計算。 , 2019 , 155, 2847-2862。 DOI:10.1021/acs.jctc.9b00143
SPH 計算請參閱:
- S. Spicher 和 S. Grimme, J. Chem。理論計算。 , 2021 , 17, 1701–1714。 DOI:10.1021/acs.jctc.0c01306
關於 ONIOM,請參閱:
- C. Plett、A. Katbashev、S. Ehlert、S. Grimme、M. Bursch、物理學。化學。化學。物理。 , 2023 , 25, 17860-17868。 DOI:10.1039/D3CP02178E
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執照
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