簡易擴增子

簡易擴增子

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EasyAmplicon：一種易於使用、開源、可重複且基於社區的管道，用於微生物組研究中的擴增子數據分析

版本：v1.21

更新時間：2024/08/05

管道手冊和文件說明

使用RStudio打開管道有中文（pipeline.sh）和英文（pipeline_en.sh）

文件說明：

• Readme.md # 介紹及安裝
• pipeline.sh # Windows和Linux命令列分析（有中英文）
• pipeline_mac.sh # MacOS 的命令列分析
• result/ # 結果資料範例
• result/Diversity.Rmd # R 中的互動式多樣性分析並以 HTML 格式輸出可重複的報告

我們能做什麼？

• 微生物組數據的分析和視覺化，特別是 16S rDNA 擴增子；
• 從原始資料到特徵表；
• 支援20多種分析方法和可發布的可視化；
• 在短時間內（約 3 小時）在筆記型電腦上完成您的專案；
• 中英文配套材料手冊和影片。

圖 1. EasyAmplicon 用於分析雙端擴增子序列的流程。

圖 2. 出版物品質視覺化的範例。

圖 3.圖 2 的出版物品質視覺化的補充範例。

圖 4. 第三方軟體使用 EasyAmplicon 的中間檔案產生的視覺化結果。

安裝

安裝依賴項

所有軟體備份都可以在以下位置找到

• FTP：Filezilla 匿名存取 FTP download.nmdc.cn。在tools目錄下可以找到amplicon以及支援mac、win等不同系統的所有軟體和套件
• 百度網盤：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

請根據您的系統（Win/Mac/Linux）安裝依賴軟體。

• 建議使用 R 4.xx 來執行 R 腳本 https://www.r-project.org/。也建議原始碼包安裝Rtools。
• RStudio 2023.xx.x 是 R 的整合開發環境 https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• STAMP v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• 適用於 Windows 的 Git 2.xx.x（僅限 Windows）http://gitforwindows.org/
• R套件快速安裝

統計和視覺化可能需要 > 500 個 R 套件。安裝比較耗時，也可能依賴其他編譯工具。您可以在https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip 或db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip 中下載所有需要的R 套件，然後解壓縮取得C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library 中的4.x資料夾

安裝 EasyAmplicon

• 方法一、訪問GitHub主頁，程式碼--下載

• EasyAmplicon 管道（陽性對照） https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome 包括腳本和資料庫 https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

將專案下載到C:或D:然後解壓縮（目錄名稱與軟體名稱保持一致）

• 方法二、透過百度網盤鏡像站下載：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz 或 EasyMicrobiome.tar.gz

• 方法3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon和git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome 。注意： fatal: unable to access可以重試。

快速入門

以 Windows 10+ 為例：

1. 開啟RStudio，並將終端設定為Git Bash（工具--全域選項--終端機--新終端機--Git Bash--確定）
2. 檔案 -- 開啟檔案 -- EasyAmplicon資料夾 -- pipeline.sh (windows/linux) 或 pipeline_mac.sh (mac)
3. 設定work directory （wd）和EasyMicrobiome directory （db），然後點擊右上角的運行來運行每一行

範例資料集

• seq/ # 壓縮的 fastq 格式的原始定序，備份可以透過 GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/ 的元資料下載
• result/ # 標準管道的範例資料和數字，例如 alpha、beta、tax
• Advanced/ # 進階分析範例，包括資料、腳本和輸出圖

常問問題

pipeline.sh 中的常見問題

注意：所有.sh腳本均以Markdown格式編寫，使用有道筆記或VSCode以獲得更好的閱讀體驗。

引文

如果使用此腳本，請引用：

劉永新、陳雷、馬騰飛、李曉芳、鄭茂盛、周鑫、陳良、錢旭波、焦熙、路宏業、曹惠洛、馬小雅、邊邊、張鵬凡、吳繼秋、仁佑甘，賈寶蕾，孫林陽，鞠志成，高雲雲，文濤，陳童。 2023. EasyAmplicon：一種易於使用、開源、可重複且基於社區的管道，用於微生物組研究中的擴增子數據分析。 iMeta 2：e83。 https://doi.org/10.1002/imt2.83

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