nf validation下載 - nf validation原始碼下載

nf validation

其他源碼

Version 1.1.4 - Kushiro

下載

Nextflow 插件，用於驗證管道參數和範例表。

重要的

`nf-validation`現已重新命名為`nf-schema` 。

nf-validation外掛程式將不會收到任何未來的更新。請更新您的管道以使用nf-schema 。

有關詳細信息，請參閱 https://github.com/nextflow-io/nf-schema。

此更改是必要的，以防止舊版本的nf-core管道在更新到最新版本的nf-validation時因未固定的插件引用而中斷。請將nf-schema的版本固定在管道的nextflow.config檔中：

plugins { id ' [email protected] ' }

介紹

此 Nextflow 外掛程式提供了許多可以包含在 Nextflow 管道腳本中的函數，以使用參數和範例表架構。使用這些功能您可以：

？將使用說明列印到終端（與--help一起使用）
✍️ 列印日誌輸出，顯示具有非預設值的參數
✅ 根據管道架構驗證提供的參數
？驗證提供的樣本表文件的內容
?️ 使用已解析的範例表格建立 Nextflow 通道

支援的範例表格式為 CSV、TSV 和 YAML（簡單）。

快速入門

在 Nextflow 管道設定檔中聲明該插件：

plugins {
  id ' nf-validation '
}

這就是所需要的全部 - Nextflow 將在運行時自動獲取插件程式碼。

筆記

上面的程式碼片段將始終嘗試安裝最新版本，這有助於確保包含最新的錯誤修復！但是，如果脫機運行，這可能會導致困難。您可以使用語法[email protected]固定特定版本

現在您可以將外掛輔助函數包含到您的 Nextflow 管道中：

include { validateParameters; paramsHelp; paramsSummaryLog; fromSamplesheet } from ' plugin/nf-validation '

// Print help message, supply typical command line usage for the pipeline
if (params . help) {
   log . info paramsHelp( " nextflow run my_pipeline --input input_file.csv " )
   exit 0
}

// Validate input parameters
validateParameters()

// Print summary of supplied parameters
log . info paramsSummaryLog(workflow)

// Create a new channel of metadata from a sample sheet
// NB: `input` corresponds to `params.input` and associated sample sheet schema
ch_input = Channel . fromSamplesheet( " input " )