根導航2.0

根導航 2

RootNav 2 是一個命令列工具，用於二維根架構的分割和分析。 RootNav 2 仍在維護中，如果某些內容對您不起作用，請與我們聯絡。

2024 年 4 月 14 日更新

我們正在繼續更新 RootNav 2，使其使用和訓練新模型盡可能簡單。新的更新包括：

• 新的日誌記錄功能，您可以在訓練或分析圖像時使用--debug標誌來查看有關正在發生的情況的更多詳細信息
• 程式碼改進意味著 RootNav 2 的運行速度比以往更快。
• 更新了所有程式碼以支援最新版本的 PyTorch 和其他程式庫，我們也刪除了對一些不再需要的程式庫的要求。
• 透過此更新，安裝應該更簡單，只需要安裝幾個庫。我們更改了安裝指南，以更好地遵循 PyTorch 的典型安裝方式。

安裝RootNav 2.0

要安裝並執行 rootnav，您需要以下內容：

1. 來自 github 的程式碼克隆
2. python的安裝
3. Pytorch 和相關函式庫
4. 軟體所需的其他軟體包

如果您想訓練自己的模型，您還需要：

1. Nvidia GPU（否則訓練會很慢）
2. Cuda 驅動程式和安裝並啟用 cuda 的 pytorch
3. 軟體所需的附加軟體包。

以下說明假設您已經安裝了 python，並且如果需要的話具有相容的硬體。如果您不確定如何安裝 python，我們建議使用 Anaconda，可以在此下載。

下載RootNav 2.0代碼

您首先需要下載程式碼，可以是上面的 zip 文件，也可以克隆 git 儲存庫（建議）：

 git clone https://github.com/robail-yasrab/RootNav-2.0.git

安裝 Pytorch

Pytorch 負責在推理和訓練期間在 Rootnav 工具中運行的深度學習。 Pytorch 會定期更新，我們現在建議按照 pytorch 網站上的說明進行安裝。

其他依賴項

可以使用推理或訓練目錄中的需求檔案來安裝其餘依賴項。如果您使用 pip，那麼以下內容將在 Linux 中運行：

 cd RootNav-2.0/inference
pip install -r requirements.txt

如果您需要使用 RootNav 訓練新模型，您可以在訓練目錄中執行相同的操作。其他作業系統中的函式庫支援更加複雜，如上所述我們建議使用 Anaconda。您可能會發現 Anaconda 在 Linux 中也是最簡單的。

使用工具

大多數用戶希望在新圖像上運行 RootNav 2.0，在這種情況下，您需要的所有程式碼都位於inference資料夾中。您可以在推理自述文件中找到更多說明。

訓練新模型

訓練代碼可以在訓練資料夾中找到。培訓自述文件中給出了有關培訓模型的說明。如果您想合作開發 RootNav 2.0 新模型，請與我們聯絡。

接觸

Rootnav 2 發表在 GigaScience 上。如有疑問，請聯絡[email protected]。

參考

[1] Yasrab, R.、Atkinson, JA、Wells, DM、French, AP、Pridmore, TP 和 Pound, MP (2019)，RootNav 2.0：複雜植物根結構自動導航的深度學習，GigaScience，8（ 11） ，giz123。