alphafold3
v3.0.0
該套件提供了 AlphaFold 3 推理管道的實現。您只能使用直接從 Google 收到的 AlphaFold 3 模型參數。使用須遵守本使用條款。
任何公開使用此原始碼、模型參數或由此產生的輸出的發現的出版物都應引用 AlphaFold 3 論文的生物分子相互作用的準確結構預測。
另請參閱補充資訊以取得該方法的詳細說明。
AlphaFold 3 也可在 alphafoldserver.com 上用於非商業用途，但具有更有限的配體和共價修飾。
如果您有任何疑問，請透過 [email protected] 聯繫 AlphaFold 團隊。
此儲存庫包含 AlphaFold 3 推理所需的所有程式碼。若要要求存取 AlphaFold 3 模型參數，請填寫此表格。 Google DeepMind 將自行決定是否授予存取權限。我們的目標是在 2-3 個工作天內回覆請求。您只能使用直接從 Google 收到的 AlphaFold 3 模型參數。使用須遵守本使用條款。
請參閱安裝文件。
安裝 AlphaFold 3 後，您可以使用以下名為alphafold_input.json的輸入 JSON 檔案來測試您的設定：
{“名稱”：“2PV7”，“序列”：[
{“蛋白質”：{“id”：[“A”，“B”]，“序列”：“GMRESYANENQFGFKTINSDIHKIVIVGGYGKLGGLFARYLRASGYPISILDREDWAVAESILANADVVIVSVPINLTLETIERLKIVIVLTENMLD2VWJKKIEKMLCCKAEDC響應KQEKLOB它對KQ鉛如果說話 所以 所以組ALRHFSTFANGLHLSKQPINLANLLALSSPIYRLELAMIGRLFAQDAELYADIIMDKSELAVIETLKQTYDEALTFFENNDRQGFIDAFHKVRDWFGDYSEQFLKESRQLLQQANDLKQG" }
}
]、「modelSeeds」：[1]、「方言」：「alphafold3」、「版本」：1}然後，您可以使用以下命令執行 AlphaFold 3：
docker run -it --volume $HOME/af_input:/root/af_input --volume $HOME/af_output:/root/af_output --volume <MODEL_PARAMETERS_DIR>:/root/models --volume <DATABASES_DIR>:/root/public_databases --gpus all alphafold3 python run_alphafold.py --json_path=/root/af_input/fold_input.json --model_dir=/root/models --output_dir=/root/af_output
您可以將各種標誌傳遞給run_alphafold.py命令，以列出所有執行python run_alphafold.py --help標誌。控制 AlphaFold 3 將運行哪些部分的兩個基本標誌是：
--run_data_pipeline (預設為true ): 是否運行資料管道，即遺傳和模板搜尋。這部分僅需要 CPU，非常耗時，並且可以在沒有 GPU 的機器上運行。
--run_inference （預設為true ）：是否運行推理。這部分需要GPU。
請參閱輸入文件。
請參閱輸出文件。
請參閱效能文件。
已知問題記錄在已知問題文件中。
如果問題尚未在已知問題或問題追蹤器中列出，請建立一個問題。
任何披露使用此原始程式碼、模型參數或由此產生的輸出的結果的出版物都應引用：
@文章{Abramson2024，作者= {艾布拉姆森、喬什和阿德勒、喬納斯和鄧格、傑克和埃文斯、理查德和格林、蒂姆和普里策爾、亞歷山大和羅納伯格、奧拉夫和威爾莫爾、林賽和巴拉德、安德魯·J.和班布里克、約書亞和Bodenstein、Sebastian W. 和Evans、David A. 和Hung、Chia- Chun 和O'Neill、Michael 和Reiman、David 和Tunyasuvunakool、Kathryn 和Wu、Zachary 和Žemgulytė、Akvilė 和Arvaniti、Eirini 和Beattie、Charles 和Bertolli、奧塔維亞和布里奇蘭、亞歷克斯和切列帕諾夫、阿列克謝和康格里夫、邁爾斯和考恩-里弗斯、亞歷山大一世和考伊、安德魯和菲格諾夫、邁克爾和福克斯、法比安B. 和格拉德曼、漢娜和賈恩、裡舒布和汗、優素福A. 和Low、Caroline MR 和Perlin、Kuba 和Potapenko、Anna 和Savy、Pascal 和Singh、Sukhdeep 和Stecula、Adrian 和Thillaisundaram、Ashok 和Tong、Catherine和Yakneen、Sergei 和zhong、Ellen D. 和Zielinski、Michal 和Žídek、Augustin和Bapst、Victor 和Kohli、Pushmeet 和Jaderberg、Max 和Hassabis、Demis 和Jumper、John M.}，期刊= {Nature}，標題= {使用AlphaFold 3 進行生物分子交互作用的精確結構預測}，年份= {2024}，卷= {630}，頁數= {8016}，頁數= {493–-500}，doi = {10.1038/s41586 -024-07487-w}}AlphaFold 3 的發布得益於以下人員的寶貴貢獻：
安德魯·考伊/ 貝拉·漢森/ 查理·貝蒂/ 克里斯·瓊斯/ 格蕾絲·瑪甘德/ 雅各布·凱利/ 詹姆斯·斯賓塞/ 喬什·艾布拉姆森/ 凱瑟琳·圖尼亞蘇瓦納庫爾/ 庫巴佩林/ 林賽威爾莫爾/ 馬克斯比萊斯奇/ 莫莉貝克/ 奧列格科瓦列夫斯基/ 塞巴斯蒂安·博登斯坦/ 蘇赫迪普·辛格/ 蒂姆·格林、Toby Sargeant、Uchechi Okereke、Yotam Doron 和 Augustin Žídek（工程主管）。
我們也向 Google 和 Isomorphic Labs 的合作者表示感謝。
AlphaFold 3 使用以下單獨的庫和套件：
Abseil-cpp 和 Abseil-py
切克斯
碼頭工人
DSSP
HMMER 套件
俳句
賈克斯
賈克斯-海衛一
賈克斯打字
庫檔案
數值模擬
pybind11 和 pybind11_abseil
RD套件
樹
海衛一
全面品質管理
我們感謝所有貢獻者和維護者！
如果您有本概述中未涵蓋的任何問題，請透過 [email protected] 聯絡 AlphaFold 團隊。
我們很樂意聽到您的回饋並了解 AlphaFold 3 如何在您的研究中發揮作用。請透過 [email protected] 與我們分享您的故事。
這不是 Google 官方支援的產品。
版權所有 2024 DeepMind 技術有限公司。
AlphaFold 3 原始碼根據知識共享署名-非商業性相同方式共享國際許可證，版本 4.0 (CC-BY-NC-SA 4.0)（「許可證」）授權；除非遵守許可證，否則您不得使用此文件。您可以在 https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/LICENSE 取得授權副本。
AlphaFold 3 模型參數依據 AlphaFold 3 模型參數使用條款（「條款」）提供；除非遵守條款，否則您不得使用這些內容。您可以在 https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md 取得條款的副本。
除非適用法律要求，否則 AlphaFold 3 及其輸出均以「原樣」分發，不帶任何明示或暗示的保證或條件。您全權負責確定使用 AlphaFold 3 或使用或散佈其原始程式碼或輸出的適當性，並承擔與此類使用或散佈以及您根據相關條款行使權利和義務相關的任何及所有風險。輸出是具有不同置信度的預測，應仔細解釋。在依賴、發佈、下載或以其他方式使用 AlphaFold 3 資產之前請謹慎行事。
AlphaFold 3 及其輸出僅用於理論建模。它們並非旨在、驗證或批准用於臨床用途。您不應將 AlphaFold 3 或其輸出用於臨床目的，也不應依賴它們來獲取醫療或其他專業建議。有關這些主題的任何內容僅供參考，不能取代合格專業人士的建議。請參閱條款下管理權限和限制的特定語言的相關條款。
使用上述「致謝」部分中提到的第三方軟體、程式庫或程式碼可能受單獨的條款和條件或授權條款的約束。您對第三方軟體、函式庫或程式碼的使用須遵守任何此類條款，並且您應在使用前檢查是否能夠遵守任何適用的限製或條款和條件。
以下資料庫已：（1）由 Google DeepMind 鏡像； (2) 部分包含在推理程式碼包中用於測試目的，可參考以下內容：
BFD（已修改），由 Steinegger M. 和 Söding J. 編寫，由 Google DeepMind 修改，可根據 Creative Commons Attribution 4.0 International License 取得。有關詳細信息，請參閱 AlphaFold 蛋白質組論文的方法部分。
PDB（未經修改），由 HM Berman 等人提供，不受所有版權限制，並根據 CC0 1.0 通用 (CC0 1.0) 公共領域奉獻完全免費地用於非商業和商業用途。
MGnify：v2022_05（未修改），由 Mitchell AL 等人提供，不受所有版權限制，並根據 CC0 1.0 通用 (CC0 1.0) 公共領域奉獻完全免費地用於非商業和商業用途。
UniProt：2021_04（未修改），由 UniProt 聯盟制定，可根據知識共享署名 4.0 國際授權使用。
UniRef90：2022_05（未修改），由 UniProt 聯盟制定，可依據知識共享署名 4.0 國際授權使用。
NT：2023_02_23（已修改）詳情請參閱 AlphaFold 3 論文的補充資料。
RFam：14_4（修改），由 I. Kalvari 等人提供，不受所有版權限制，並根據 CC0 1.0 通用 (CC0 1.0) 公共領域奉獻完全免費地用於非商業和商業用途。有關詳細信息，請參閱 AlphaFold 3 論文的補充資訊。
RNACentral：21_0（已修改），由 RNAcentral 聯盟提供，不受所有版權限制，並根據 CC0 1.0 通用 (CC0 1.0) 公共領域奉獻完全免費地用於非商業和商業用途。有關詳細信息，請參閱 AlphaFold 3 論文的補充資訊。
