阿爾法折疊3
v3.0.0
該套件提供了 AlphaFold 3 推理管道的實現。您只能使用直接從 Google 收到的 AlphaFold 3 模型參數。使用須遵守本使用條款。
任何公開使用此原始程式碼、模型參數或由此產生的輸出的發現的出版物都應引用 AlphaFold 3 論文的生物分子相互作用的準確結構預測。
另請參閱補充資訊以取得該方法的詳細說明。
AlphaFold 3 也可在 alphafoldserver.com 上用於非商業用途，但具有更有限的配體和共價修飾。
如果您有任何疑問，請透過 [email protected] 聯繫 AlphaFold 團隊。
此儲存庫包含 AlphaFold 3 推理所需的所有程式碼。若要要求存取 AlphaFold 3 模型參數，請填寫此表格。 Google DeepMind 將自行決定是否授予存取權限。我們的目標是在 2-3 個工作天內回覆請求。您只能使用直接從 Google 收到的 AlphaFold 3 模型參數。使用須遵守本使用條款。
請參閱安裝文件。
安裝 AlphaFold 3 後，您可以使用以下名為alphafold_input.json的輸入 JSON 檔案來測試您的設定：
{
"name" : " 2PV7 " ,
"sequences" : [
{
"protein" : {
"id" : [ " A " , " B " ],
"sequence" : " GMRESYANENQFGFKTINSDIHKIVIVGGYGKLGGLFARYLRASGYPISILDREDWAVAESILANADVVIVSVPINLTLETIERLKPYLTENMLLADLTSVKREPLAKMLEVHTGAVLGLHPMFGADIASMAKQVVVRCDGRFPERYEWLLEQIQIWGAKIYQTNATEHDHNMTYIQALRHFSTFANGLHLSKQPINLANLLALSSPIYRLELAMIGRLFAQDAELYADIIMDKSENLAVIETLKQTYDEALTFFENNDRQGFIDAFHKVRDWFGDYSEQFLKESRQLLQQANDLKQG "
}
}
],
"modelSeeds" : [ 1 ],
"dialect" : " alphafold3 " ,
"version" : 1
}然後，您可以使用以下命令執行 AlphaFold 3：
docker run -it
--volume $HOME/af_input:/root/af_input
--volume $HOME/af_output:/root/af_output
--volume :/root/models
--volume :/root/public_databases
--gpus all
alphafold3
python run_alphafold.py
--json_path=/root/af_input/fold_input.json
--model_dir=/root/models
--output_dir=/root/af_output
您可以將各種標誌傳遞給run_alphafold.py命令，以列出所有執行python run_alphafold.py --help標誌。控制 AlphaFold 3 將運行哪些部分的兩個基本標誌是：
--run_data_pipeline (預設為true ): 是否運行資料管道，即遺傳和模板搜尋。這部分僅需要 CPU，非常耗時，並且可以在沒有 GPU 的機器上運行。--run_inference （預設為true ）：是否運行推理。這部分需要GPU。 請參閱輸入文件。
請參閱輸出文件。
請參閱效能文件。
已知問題記錄在已知問題文件中。
如果問題尚未在已知問題或問題追蹤器中列出，請建立一個問題。
任何披露使用此原始程式碼、模型參數或由此產生的輸出的結果的出版物都應引用：
@article { Abramson2024 ,
author = { Abramson, Josh and Adler, Jonas and Dunger, Jack and Evans, Richard and Green, Tim and Pritzel, Alexander and Ronneberger, Olaf and Willmore, Lindsay and Ballard, Andrew J. and Bambrick, Joshua and Bodenstein, Sebastian W. and Evans, David A. and Hung, Chia-Chun and O’Neill, Michael and Reiman, David and Tunyasuvunakool, Kathryn and Wu, Zachary and Žemgulytė, Akvilė and Arvaniti, Eirini and Beattie, Charles and Bertolli, Ottavia and Bridgland, Alex and Cherepanov, Alexey and Congreve, Miles and Cowen-Rivers, Alexander I. and Cowie, Andrew and Figurnov, Michael and Fuchs, Fabian B. and Gladman, Hannah and Jain, Rishub and Khan, Yousuf A. and Low, Caroline M. R. and Perlin, Kuba and Potapenko, Anna and Savy, Pascal and Singh, Sukhdeep and Stecula, Adrian and Thillaisundaram, Ashok and Tong, Catherine and Yakneen, Sergei and Zhong, Ellen D. and Zielinski, Michal and Žídek, Augustin and Bapst, Victor and Kohli, Pushmeet and Jaderberg, Max and Hassabis, Demis and Jumper, John M. } ,
journal = { Nature } ,
title = { Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3 } ,
year = { 2024 } ,
volume = { 630 } ,
number = { 8016 } ,
pages = { 493–-500 } ,
doi = { 10.1038/s41586-024-07487-w }
}AlphaFold 3 的發布得益於以下人員的寶貴貢獻：
安德魯考伊/ 貝拉漢森/ 查理貝蒂/ 克里斯瓊斯/ 葛蕾絲瑪甘德/ 雅各凱莉/ 詹姆斯史賓塞/ 喬許艾布拉姆森/ 凱瑟琳·圖亞蘇瓦納庫爾/ 庫巴·佩林/ 林賽·威爾莫爾/ 馬克斯·比萊斯奇/ 莫莉·貝克/ 奧列格·科瓦列夫斯基/ 塞巴斯蒂安·博登斯坦/ 蘇赫迪普·辛格/ 蒂姆·格林、Toby Sargeant、Uchechi Okereke、Yotam Doron 和 Augustin Žídek（工程主管）。
我們也向 Google 和 Isomorphic Labs 的合作者表示感謝。
AlphaFold 3 使用以下單獨的庫和套件：
我們感謝所有貢獻者和維護者！
如果您有本概述中未涵蓋的任何問題，請透過 [email protected] 聯絡 AlphaFold 團隊。
我們很樂意聽到您的回饋並了解 AlphaFold 3 如何在您的研究中發揮作用。請透過 [email protected] 與我們分享您的故事。
這不是 Google 官方支援的產品。
版權所有 2024 DeepMind 技術有限公司。
AlphaFold 3 原始碼根據知識共享署名-非商業性相同方式分享國際許可證，版本 4.0 (CC-BY-NC-SA 4.0)（「許可證」）授權；除非遵守許可證，否則您不得使用此文件。您可以從 https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/LICENSE 取得授權副本。
AlphaFold 3 模型參數依據 AlphaFold 3 模型參數使用條款（「條款」）提供；除非遵守條款，否則您不得使用這些內容。您可以在 https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md 取得條款的副本。
除非適用法律要求，否則 AlphaFold 3 及其輸出均以「原樣」分發，不帶任何明示或暗示的保證或條件。您全權負責確定使用 AlphaFold 3 或使用或散佈其原始程式碼或輸出的適當性，並承擔與此類使用或散佈以及您根據相關條款行使權利和義務相關的任何及所有風險。輸出是具有不同置信度的預測，應仔細解釋。在依賴、發佈、下載或以其他方式使用 AlphaFold 3 資產之前請謹慎行事。
AlphaFold 3 及其輸出僅用於理論建模。它們並非旨在、驗證或批准用於臨床用途。您不應將 AlphaFold 3 或其輸出用於臨床目的，也不應依賴它們來獲取醫療或其他專業建議。有關這些主題的任何內容僅供參考，不能取代合格專業人士的建議。請參閱條款下管理權限和限制的特定語言的相關條款。
使用上述「致謝」部分中提到的第三方軟體、程式庫或程式碼可能受單獨的條款和條件或授權條款的約束。您對第三方軟體、函式庫或程式碼的使用須遵守任何此類條款，並且您應在使用前檢查是否能夠遵守任何適用的限製或條款和條件。
以下資料庫已：（1）由 Google DeepMind 鏡像； (2) 部分包含在推理程式碼包中用於測試目的，可參考以下內容：
