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tower cli

其他源碼

v0.10.3

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命令列介面

tw是命令列上的 Seqera 平台。它將管道、操作和計算環境等 Seqera 概念引入終端。

Seqera Platform 是一個用於管理資料管道和運算資源的全端應用程式。它支援在本地或任何雲端進行大規模協作資料分析。

CLI 與 Seqera 交互，提供啟動管道、管理雲端資源和管理分析的介面。

主要特點是：

類似 Nextflow 的體驗：tw CLI 提供了一個開發人員友善的環境。管道可以使用類似 Nextflow 的 CLI 啟動，但具有 Seqera 的監控、日誌記錄、資源配置、資料集管理和協作共享的優勢。
基礎設施即程式碼：所有 Seqera 資源，包括管道和運算環境，都可以以聲明性方式描述。這使得可以對分析環境進行完整定義，並可以將其作為程式碼進行版本控制和處理。它極大地簡化了配置共享和日常管理。
基於 OpenAPI 建置：tw CLI 透過使用 OpenAPI 3.0 規範的 Seqera Platform API 與 Seqera 互動。 CLI 提供對 Seqera 應用程式的完全控制，使用戶能夠最大限度地了解管道提交和執行環境。

請參閱 Seqera 平台文件以了解有關該應用程式的更多資訊。

可用性

tw CLI 可以安裝在 macOS、Windows 和 Linux 上。

它與 Seqera Cloud 和 Enterprise 版本 21.08 及更高版本相容。

入門

本指南涵蓋 CLI 的安裝和配置、雲端基礎設施預置以及將管道啟動到 AWS Batch 運算環境。

1. 安裝

從發布頁面上的資產下載適合您的作業系統的最新版本。
重新命名並使檔案可執行：
```
mv tw- * tw
chmod +x ./tw
```
將檔案移至$PATH變數可存取的目錄：
```
sudo mv tw /usr/local/bin/
```

2. 配置

您需要 CLI 的存取權杖才能與 Seqera 實例互動。從 Seqera UI 的使用者選單中選擇使用者令牌，然後選擇新增令牌以建立新令牌。

複製存取令牌值並透過以下兩種方式之一將其與 CLI 一起使用：

環境變數：
1. 將令牌作為 shell 變數直接匯出到終端中：
```
 export TOWER_ACCESS_TOKEN= < your access token >
```
2. 將export命令新增至您的.bashrc 、 .zshrc或.bash_profile檔案中，以便將其永久新增至您的環境中。
tw 指令標誌：
使用--access-token直接在tw指令中提供存取權杖：
```
tw --access-token= < your access token > < other options >
```

如果需要，請使用與上述相同的方法配置以下非強制環境變數：

TOWER_WORKSPACE_ID ：工作區 ID。預設：使用者工作區。
TOWER_API_ENDPOINT ：Seqera API URL。預設值： api.cloud.seqera.io 。

您可以從組織頁面的「工作區」標籤中找到您的TOWER_WORKSPACE_ID 。或者，您可以使用tw workspaces list列出您的令牌可以存取的所有工作區，並從命令輸出複製工作區 ID。

3.健康檢查

確認安裝、設定和連接：

$ tw info

    System health status
    ---------------------------------------+------------------
     Remote API server connection check    | OK
     Tower API version check               | OK
     Authentication API credential's token | OK

`tw` CLI 指令

有關使用 CLI 的詳細說明，請參閱用法。

自動完成

使用以下命令在目前會話中啟動自動完成功能：

 source <( tw generate-completion )

自訂 SSL 憑證授權單位存儲

如果您使用預設 Java 憑證授權單位無法辨識的私有 CA SSL 證書，請使用自訂cacerts儲存：

tw -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts info

您可以將二進位檔案重新命名為tw-binary並建立一個tw腳本以自動在每個會話中包含自訂cacerts儲存：

 #! /usr/bin/env bash
tw-binary -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts $@

建置二進位開發版本

tw CLI 是一個平台二進位可執行文件，由 Java GraalVM 的本機編譯創建。要編譯並建置二進位檔案的開發版本：

如果需要，請安裝SDKMan！
從 tower-cli 專案的根目錄中，安裝 GraalVM：
```
sdk env install
```
這可確保 SDKMan 使用 tower-cli 專案特定的.sdkmanrc配置。
安裝native-image ：
```
gu install native-image
```
匯出您的 Github 憑證。 Github 需要對公共包進行身份驗證（令牌僅需要read:packages範圍）：
```
 export GITHUB_USERNAME=...
export GITHUB_TOKEN=...
```

建立本機客戶端：

./gradlew nativeCompile

這將在 nativeCompile 目錄中安裝本地編譯的tw版本：

 Produced artifacts:
 <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile/tw (executable)
========================================================================================================================
Finished generating 'tw' in 1m 6s.
[native-image-plugin] Native Image written to: <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile

BUILD SUCCESSFUL in 1m 8s
6 actionable tasks: 2 executed, 4 up-to-date