STRS

空間總 RNA 定序： STRS

用於空間總 RNA 定序 (STRS) 的分子和計算工作流程套件

該儲存庫包含您在幾乎任何樣本上運行和分析 STRS 所需的所有協定、管道和腳本！

查看txg_snake ，這是一個針對 10x 庫（尤其是 STRS 資料集）的正在進行中的管道！

稿件連結：

• McKellar 等人， 《自然生物技術》 ，2022

• bioRxiv 預印本鏈接

子目錄說明：

• manuscripts ：預印本和後續手稿的 .pdf 文件（希望如此！）

• protocols ：此處使用的協議的 Microsoft Word 和 .pdf 文檔

• pipelines ：我們研究中使用的 Snakemake 工作流程。其中包括 STRS 資料（kallisto、STARsolo 和 miRge3.0）、小 RNAseq 資料（STAR 和 miRge3.0）、SmartSeqTotal (kallisto) 和 VASAdrop (kallisto) 的比對管道

• scripts ：我們使用的所有其他程式碼！主要包含空間分析中使用的 R 腳本和實用函數。

• references ：本研究中使用的參考基因組和註釋的資訊和腳本

• resources ：各種元數據、基因列表和我們用於分析數據的其他信息，請參閱每個子目錄中的 README 文件以獲取更多詳細信息

為本文產生的數據：

• STRS 資料集：GSE200481

• SkM/心臟小 RNAseq 資料：GSE200480

• 單核總RNAseq資料（C2C12細胞株）：GSE209780

分析的附加數據：

• 小 RNA 圖譜資料（Isakova 等人， PNAS ，2020）：GSE119661

• SmartSeqTotal 資料（Isakova 等人， PNAS ，2021）：GSE151334

• VASAdrop 資料（Salmen 等人， Nature Biotechnology ，2022）：GSE176588

接觸：

• 伊維恩‧德‧弗拉明克 ([email protected])

• 本傑明·科斯格羅夫 ([email protected])

• 大衛‧麥克‧麥凱勒 ([email protected])