omaat
1.0.0
OpenMSI 陣列分析工具包 (OMAAT) 是一個新軟體包，用於分析質譜成像 (MSI) 中空間定義的樣品。以前，研究人員要么手動檢查數據，要么依靠專家電腦演算法進行基於感興趣區域的大規模分析。透過使用 Jupyter Notebook，任何沒有程式設計經驗的人都可以輕鬆存取 OMAAT，並且可以在 MSI 資料集中的空間定義樣本中輕鬆執行峰值查找和峰值積分。與 OpenMSI 結合，創建了一個用於儲存、共享和分析空間定義的 MSI 資料的強大平台，並促進使用 MSI 分析大型陣列樣本集。這項新功能將極大地促進雷射解吸電離質譜成像作為高通量生物分子分析的方式的使用。
OMAAT 被編寫為 Python 模組，並使用 Anaconda Python 發行版進行了首要性測試。要準確地重現我們的測試環境，請參閱此處和此處的發行版和軟體包。
Anaconda 捆綁了許多對資料分析有用的 python 套件。如果您已經安裝了 Anaconda，請確保您的軟體包是最新的。 OMAAT 需要 Jupyter 版本 4.1+ 和 python 版本 2.7+ 或 3.2+。我們建議使用此處提供的 Anaconda python 發行版：https://www.continuum.io/downloads。
除了基本的 anaconda 安裝之外，您還需要安裝 python 套件「future」。對於 anaconda，這是使用 conda 套件管理器完成的。
conda install future
此筆記本中的小工具需要 widgetsnbextension 套件。可以透過以下方式安裝：
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
可以透過以下方式從命令列取得 OMAAT 程式碼：
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
或在此下載並解壓縮儲存庫的 zip 檔案：https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools/archive/master.zip
若要從終端啟動筆記本，請變更為 OMAAT 程式碼目錄。並輸入
jupyter notebook
或使用 anaconda 的圖形啟動器工具啟動筆記本。
Python 套件不斷更新。如果您在使用或安裝 omaat 時遇到任何問題，請透過在 github 中提交票證與我們聯絡。
使用 Travis-CI 進行測試。若要從 omaat 目錄中重現與我們的測試類似的 python 環境，請使用：
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*Markus de Raad、Tristan de Rond、Oliver Rübe、Jay D. Keasling、Trent R. Northen 和 Benjamin P. Bowen，「OpenMSI 陣列分析工具包：使用質譜成像分析空間定義的樣本」分析。化學, 2017, 89 (11), 5818–5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
以下出版物描述了 MSI 資料儲存的資料格式：
Oliver Rübel、Annette Greiner、Shreyas Cholia、Katherine Louie、E. Wes Bethel、Trent R. Northen 和 Benjamin P. Bowen，“OpenMSI：基於 Web 的高性能質譜成像平台”分析化學 2013 年 85 (21 ），10354- 10361，DOI：10.1021/ac402540a。 [BibTeX][ACS 線上]
參見許可證.txt
參見版權.txt
