RagTag

破爛標籤

RagTag 是用於建造和改進現代基因組組裝的軟體工具集合。任務包括：

• 基於同源性的錯誤組裝校正
• 基於同源性的組裝鷹架和修補
• 鷹架合併

RagTag 也提供了用於處理常見基因組組裝檔案格式的命令列實用程式。

入門

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

文件

請參閱 Wiki 以了解詳細文件。

依賴關係

• Minimap2、Unimap 或 Nucmer
• Python 3（附以下自動安裝的軟體包）
  • 麻木
  • 區間樹
  • 皮薩姆
  • 網路x

引文

• 邁克爾，等人。 “自動組裝支架提升了新的番茄系統的高通量基因組編輯能力。”基因組生物學（2022）。
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag 取代 RaGOO：

• 邁克爾，等人。 “RaGOO：快速準確的參考指導基因組草案支架。”基因組生物學 20.1（2019）：1-17。
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

致謝

與 RaGOO 第一個版本相關的許多主要演算法改進都是由 MaSuRCA 彙編器的首席開發人員 Aleksey Zimin 提供的。 Luca Venturini 建議並最初實現了許多功能增強，例如 pysam 整合。 RagTag「合併」的靈感來自於 CAMSA。 CAMSA 的開發者 Sergey Aganezov 協助審查了相關的 RagTag 程式碼。 RagTag「補丁」的靈感來自 Melanie Kirsche 所寫的鷹架工具 Grafter。 Melanie 為 RagTag 的實施提供了指引。 Michael Schatz 為整個專案提供了指導。