meryl

梅莉爾

這是“meryl”，幾乎完全重寫了 kmer 專案和 Celera Assembler 中出現的“meryl”。

重要提示：從此儲存庫取得最新的 meryl 程式碼。這與從 canu 1.8 或更早版本建立的舊 Meryl 資料庫不相容。新的 Meryl 明顯比以前的版本快。

meryl db 不再採用.mcdat和.mcidx檔案格式。 Meryl db 現在被設計為目錄，包含 64 個二進位檔案 + 64 個索引（128 個檔案）。

依賴性

• gcc 10.2.0 或更高版本

安裝

• 發布版本：下載穩定的發布版本

# Linux-amd64wget 範例 https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• 實驗提示（使用git 2.25.1或更高版本）：

 git 克隆 https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

使用 k-mers 等評估組件

參見默奎裡。

引用梅莉爾的話

我們不想再用另一張 k-mer 計數紙來折磨這個世界，所以我們將 meryl 填充到 merqury 方法中：

Rhie, A.、Walenz, BP、Koren, S. 等人。 Merqury：基因組組裝的無參考品質、完整性和定相評估。基因組生物學 21, 245 (2020)。 https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9