seurat wrappers
1.0.0
SeuratWrappers 是社區提供的 Seurat 方法和擴展的集合，由 NYG 的 Satija 實驗室策劃。這些方法包含目前 Seurat 中未找到的功能，並且能夠更頻繁地更新。
請參閱我們的貢獻指南，以取得在 SeuratWrappers 中開發和添加新方法的協助和指南
各個方法小插圖可以在docs/目錄中找到，我們建議在 GitHub 上查看時查看標準 markdown ( *.md ) 文件
可透過遙控器完成安裝
remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )| 包裹 | 小插圖 | 參考 | 來源 |
|---|---|---|---|
| 單片眼鏡3 | 使用 Monocle 3 和 Seurat 計算軌跡 | 曹等人，《自然》2019 | https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3 |
| 速維洛 | 使用 Seurat 和 scVelo 估計 RNA 速度 | Bergen 等人，bioRxiv 2019 | https://scvelo.readthedocs.io |
| GAPS | 在 Seurat 物件上執行 CoGAPS | Stein-O'Brien 等人，細胞系統 2019 | https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html |
| GLMPCA | 在 Seurat 物件上執行 GLM-PCA | Townes 等人，基因組生物學 2019 | https://github.com/willtownes/glmpca |
| 科諾斯 | 使用 Conos 整合資料集 | Barkas 等人，《自然方法》2019 | https://github.com/hms-dbmi/conos |
| 獅虎 | 使用 LIGER 整合 Seurat 對象 | 韋爾奇等人，細胞 2019 | https://github.com/MacoskoLab/liger |
| 快速MNN | 在 Seurat 物件上執行 fastMNN | 自然生物技術2018 | https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html |
| 和諧 | 使用 Harmony 整合資料集 | Korsunsky 等人，bioRxiv 2018 | https://github.com/immunogenomics/harmony |
| 阿爾拉 | 使用 ALRA 進行零保留插補 | Linderman 等人，bioRxiv 2018 | https://github.com/KlugerLab/ALRA |
| 速度 | 使用 Seurat 估計 RNA 速度 | La Manno 等人，《自然》2018 | https://velocyto.org |
| 謝克斯 | 將 schex 與 Seurat 一起使用 | Freytag，R 包 2019 | https://github.com/SaskiaFreytag/schex |
| 鯕 | 將 alevin 計數導入 Seurat | 斯里瓦斯塔瓦等。等人，基因組生物學 2019 | https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools |
| 星雲屬 | 使用 Nebulosa 可視化基因表達 | Jose Alquicira-Hernandez 和 Joseph E. Powell，正在審查中 | https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa |
| CIPR | 將 CIPR 與人類 PBMC 資料結合使用 | 埃基茲等。等人，BMC 生物資訊學 2020 | https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package |
| 米QC | 在 Seurat 物件上執行 miQC | 希彭等。等人，bioRxiv 2021 | https://github.com/greenelab/miQC |
| 三輪車 | 在 Seurat 物件上從三輪車運行estimate_cycle_position | 鄭等。等人，bioRxiv 2021 | https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html |
