iCount

iCount：蛋白質-RNA 交互作用分析

iCount 是一個 Python 模組和關聯的命令列介面 (CLI)，它提供了處理蛋白質-RNA 相互作用的 iCLIP 資料並產生所需的所有命令：

• 解復用和適配器修剪的 FASTQ 文件，

• 具有映射 iCLIP 讀取的 BAM 文件，

• 辨識出蛋白質-RNA 交聯位點，儲存到 BED 檔案中，

• 由統計上顯著的交聯位點組成的峰，保存到 BED 文件，

• 重要交叉連結位點的集群，保存到 BED 檔案中，

• 將各個重複實驗分組，

• RNAmap 產生顯示交聯位點相對於基因組標誌的位置分佈，

• kmer富集分析，

• 和其他。

您可以從教學課程開始或深入研究文件。

作者

iCount 由盧布爾雅那大學電腦與資訊科學學院生物資訊實驗室的 Tomaž Curk 與 Jernej Ule 實驗室合作開發和支援。

開發始於 2008 年底，當時 Tomaž Curk 和 Gregor Rot 編寫了 iCount 的第一個原型。從那時起發生了很多事情。有關詳細資訊和完整致謝，請參閱文件中的如何引用部分。

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