RCAS下載 - RCAS原始碼下載

RCAS

其他源碼

1.5.4

下載

RCAS項目

介紹

RCAS 是一個 R/Bioconductor 軟體包，設計為通用報告工具，用於對高通量實驗檢測到的轉錄組範圍內的興趣區域進行功能分析。例如，此類轉錄組區域可以是透過 CLIP-Seq 分析檢測到的蛋白質-RNA 交互作用位點、RNA 修飾位點（別名表觀轉錄組）、CAGE 標籤位置或任何其他查詢區域層級的訊號峰值。轉錄組。 RCAS 根據轉錄本特徵（外顯子、內含子、5'/3' UTR 區域、外顯子-內含子邊界、啟動子區域）的查詢區域的分佈產生深入的註釋摘要和覆蓋率概況。此外，RCAS 可以進行功能富集分析和判別性基序發現。 RCAS 支援BSgenome::available.genomes中提供的所有基因組版本

安裝：

從 Bioconductor 安裝

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

從 Github 安裝開發版本

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

透過 Bioconda 渠道安裝

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

透過 Guix 安裝

guix package -ir r-rcas

用法：

包裝插圖和參考手冊

有關如何使用 RCAS 的詳細說明，請參閱：

用於單一樣品分析的包裝插圖
用於多樣本分析的套件插圖
有關 RCAS 中可用的詳細功能的更多信息，請參閱參考手冊。

來自已發布的基於 RNA 的組學數據集的用例

多樣本分析用例

請參閱範例報告，該報告比較了 Nakaya 等人透過 RNA 結合蛋白 FUS 的 CLIP 定序實驗發現的峰值區域，2013 年，Ascano 等人的突觸功能調節器 FMR1。 2012 年，以及 Sauliere 等人的真核起始因子 4A-III，2012 年。

單樣本分析用例

透過PAR-CLIP技術檢測到的 PUM2 RNA 結合位點的 RCAS 報告（Hafner 等，2010）
- 輸入：PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19
透過PAR-CLIP技術檢測到的 QKI RNA 結合位點的 RCAS 報告（Hafner 等人，2010）
- 輸入：PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19
透過PAR-CLIP技術檢測到的 IGF2BP123 RNA 結合位點的 RCAS 報告（Hafner 等，2010）
- 輸入：PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19
透過deepCAGE分析檢測到的微小 RNA (tiRNA) 位點的 RCAS 報告（Taft et al. 2009）
- 輸入： human_FANTOM4_tiRNAs.bed
m ¹ A甲基化位點的 RCAS 報告（Dominissini 等人，2016）
- 輸入：GSE70485_ human_peaks.txt.gz

引文

若要引用 RCAS，請使用：

Bora Uyar、Dilmurat Yusuf、Ricardo Wurmus、Nikolaus Rajewsky、Uwe Ohler、Altuna Akalin； RCAS：一種以 RNA 為中心的註釋系統，用於轉錄組範圍內的興趣區域。核酸研究 2017 gkx120。 doi：10.1093/nar/gkx120

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