URD

烏魯德

URD是一個 R 包，設計用於使用單細胞 RNA 定序資料以分支樹的形式重建規範或分化過程的轉錄軌跡。它以培育世界樹、決定一切命運的北歐神話人物命名。

URD 的描述如下：
斑馬魚胚胎髮生過程中發育軌跡的單細胞重建。
Farrell JA 和 Wang Y（等額貢獻）、Riesenfeld SJ、Shekhar K、Regev A 和 Schier AF（等額貢獻）。
科學 2018 年 4 月 26 日。

安裝

• 要安裝，請按照 INSTALL.md 中的說明進行操作

範例程式碼

• 要開始使用，請查看快速入門教學：（查看）（下載）

• Farrell 和 Wang等人的完整補充分析。描述了斑馬魚胚胎髮生期間（受精後 3.3-12 小時）發育軌跡重建的資訊。

• Siebert、Farrell等人的完整補充分析。描述了成年水螅發育軌跡的重建也可使用。

• 用於繪製 Siebert、Farrell等人的處理資料的教程。 （請參閱下文下載）可在此處獲取

待探索的處理數據

• 來自 Farrell & Wang等人的斑馬魚胚胎髮生（受精後 3.3 - 12 小時）的經過處理的 URD 對象。可以從 Broad Single-cell Portal 下載（需要登入）。

• 來自 Siebert、Farrell等人的成年九頭蛇經過處理的 URD 物件。可從 Broad Single-cell Portal（需要登入）或 Data Dryad 下載。

版本歷史

NEWS.md 中列出了詳細的變更和次要版本

最近的錯誤修復：1.1.1（2020 年 4 月 28 日）

2019/07/25:

1.1版本發布！這包括使用 NMF 模組分析來檢測和刪除雙峰的新函數、用於查看相對於偽時間的基因表現的新函數以及用於檢查資料的新繪圖函數。它與出版物《以單細胞分辨率解析的 Hydra 中幹細胞分化的軌跡》一起發表。

2018/04/30:

1.0版本發布！它伴隨著我們的手稿斑馬魚胚胎髮生過程中發育軌蹟的單細胞重建！