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sepal ：透過基於擴散的建模來識別具有空間模式的轉錄譜

該倉庫包含：

sepal python 套件和安裝文件
教程和使用範例（CLI 和作為導入的套件）
出版品中使用的數據
出版物中提出的結果

下載並安裝

sepal需要python3 ，最好是 3.5 以上的版本。若要下載並安裝，請開啟終端並將其變更為您想要將sepal下載到的目錄，然後執行以下操作：

git clone https://github.com/almaan/sepal.git
cd sepal
chmod +x setup.py
./setup.py install

根據您的使用者權限，您可能需要新增--user作為setup.py的參數。運行該設定將為您提供計算擴散時間所需的最少安裝。但是，如果您希望能夠使用分析模組，您還需要安裝建議的軟體包。為此，只需（在同一目錄中）運行：

pip install -e " .[full] "

同樣，可能需要包含--user 。另外，如果這是您設定python-pip介面的方式，您可能必須使用pip3 。如果您使用conda或虛擬環境，請按照他們的建議安裝軟體包。

這應該安裝命令列介面 (CLI) 和標準套件。若要測試並查看安裝是否成功，您可以嘗試執行以下命令：

sepal -h

它應該會列印與萼片相關的幫助訊息。如果到目前為止一切順利，您可以繼續查看範例部分以查看sepal實際應用！

範例

命令列介面

建議透過命令列介面使用 sepal。計算擴散時間的模擬以及隨後的結果分析或檢查都可以透過鍵入sepal並隨後run或analyze來輕鬆執行。 analyze模組有不同的選項，用於視覺化結果（ inspect ）、將檔案分類到模式家族（ family ）或對已識別的家族進行功能富集分析（ fea ）。有關可用命令的完整列表，請執行sepal module -h ，其中 module 是run和analyze之一。下面，我們說明如何使用萼片來找出具有空間模式的轉錄譜。

我們將建立一個資料夾來保存我們的結果，該資料夾也將作為我們的工作目錄。從儲存庫的主目錄中，執行以下操作：

 cd res
mkdir example
cd example

MOB 樣本將用於舉例說明我們的分析。我們首先計算每個轉錄譜的擴散時間：

sepal run -c ../../data/real/mob.tsv.gz -mo 10 -mc 5 -o . -ar 1

下面是一個範例（附加顯示了幫助命令），展示了它的外觀

CLI 運行範例

計算出擴散時間後，我們想要檢查結果，就像在研究中一樣，我們將查看前 20 個設定檔。我們可以透過執行以下命令輕鬆地根據結果生成圖像：

 sepal analyze -c ../../data/real/mob.tsv.gz 
-r 20200409173043610345-top-diffusion-times.tsv 
-ar 1k -o . inspect -ng 20 -nc 5

這看起來像這樣：

CLI分析範例

輸出將如下圖所示：

分析輸出

然後，要將排名前 100 的基因分類到一組模式族中，其中模式中 85% 的變異數應由特徵模式來解釋，請執行以下操作：

sepal analyze -c ../../data/real/mob.tsv.gz 
-r 20200409173043610345-top-diffusion-times.tsv 
-ar 1k -o . family -ng 100 -nbg 100 -eps 0.85 --plot -nc 3

由此，我們得到每個家族以下三個代表性的主題：

代表性圖案

我們可以透過執行以下命令對我們的家庭進行富集分析：

sepal analyze -c ../../data/real/mob.tsv.gz 
      -r 20200409173043610345-top-diffusion-times.tsv 
   -ar 1k -o . fea -fl mob.tsv-family-index.tsv -or " mmusculus "

例如，我們看到 Family 2 豐富了與神經元功能、生成和調節相關的幾個過程：

	家庭	本國的	姓名	p_值	來源	交叉點大小
2	2	GO：0007399	神經系統發育	0.00035977	去：BP	26
3	2	號碼：0050773	樹突發育的調控	0.000835883	去：BP	8
4	2	GO：0048167	突觸可塑性的調節	0.00196494	去：BP	8
5	2	號碼：0016358	枝晶發育	0.00217167	去：BP	9
6	2	號碼：0048813	樹突形態發生	0.00741589	去：BP	7
7	2	號碼：0048814	樹突形態發生的調控	0.00800399	去：BP	6
8	2	號碼：0048666	神經元發育	0.0114088	去：BP	16
9	2	號碼：0099004	鈣調蛋白依賴性激酶訊號通路	0.0159572	去：BP	3
10	2	GO：0050804	化學突觸傳遞的調節	0.0341913	去：BP	10
11	2	GO：0099177	跨突觸訊號傳導的調節	0.0347783	去：BP	10