congas

scRNA 定序的拷貝數基因分型

一組 Pyro 模型和函數，用於從 scRNA-seq 數據推斷 CNA。它附帶了一個配套的 R 包，可用作介面並提供預處理、模擬和可視化例程。我們建議直接使用 R 包，因為它主要用作計算的後端。

目前提供：

• 分段上的混合模型，其中 CNV 建模為 LogNormal 隨機變數 (MixtureGaussian)

• 分段上的混合模型，其中 CNV 建模為分類隨機變數 (MixtureCategorical)

• 一個簡單的 Hmm，其中 CNV 再次分類，但沒有聚類 (SimpleHmm)

安裝：

$ pip install congas-old

對範例資料執行簡單分析

將 congas 匯入為 cnfrom congas.models 導入 MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams，loss = cn.run_analysis(data_dict，MixtureGaussian，steps=200，lr=0.05)