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taxtree

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稅樹

概述

分類資料庫是公共序列資料庫中所有生物體的精心分類和命名法。目前，該物種約佔地球上所描述生命物種的 10%。 NCBI分類資料庫的官方網址為https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy，公用資料下載網址為https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/。 taxtree用於透過處理names.dmp和nodes.dmp並根據taxa的層次結構繪製簡單的進化樹，基於Taxonomy資料庫產生分類單位（taxa）的系統發育拓撲。 taxtree函數的實作依賴tidyverse和ggtree 。目前， taxtree允許使用分類資料庫中的768,430 個分類單元來建立系統發育樹的拓撲。

等級	高等類群	屬	種	較低類群	全部的
古細菌	610	264	第878章	0	1,752
細菌	5,897	5,005	24,761	第952章	36,615
真核生物	67,028	98,600	515,880	36,640	718,148
真菌	6,009	7,437	55,840	1,571	70,857
後生動物	48,564	70,320	270,261	18,292	407,437
病毒	2,064	2,587	7,180	65	11,896
細菌	5,897	5,005	24,761	第952章	36,615
所有類群	75,630	106,458	548,685	37,657	768,430

安裝

在安裝之前，您需要透過BiocManager下載taxtree依賴套件ggtree 。

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
  BiocManager::install("ggtree")

安裝devtools ，它用於從 GitHub 安裝 R 套件。

if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")

完成上述步驟後，開始安裝。

devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")

功能

taxtree有六個核心功能。

make_Taxtree()如果您有一些明確的類群名稱（界門類目科屬物種或任何其他分類節點），您可以使用此函數從類群名稱列表建立其分類拓撲。
find_Lineage()透過明確的分類單元名稱，可以找到該分類號碼下的所有分類譜系。
name2rank()如果您有一些明確的分類單元名稱（王國門類目家族屬物種或任何其他分類節點），您可以使用此函數根據分類單元的名稱獲取分類等級名稱（和分類單元）。
name2rank_str()如果您有一些明確的分類單元名稱（王國門類目科屬物種或任何其他分類節點），您可以使用此函數根據分類單元的名稱來取得分類等級名稱（和分類單元）。您可以在此函數中輸入單一字串或包含多個字串的向量。
plot_taxTree()基於ggtree套件繪製一個簡單的分類樹。
write_taxTree()此函數是基於ape包，使用 Newick 格式以括號格式在檔案中寫入樹。

應用

基於OTU的物種註釋，允許使用make_Taxtree()函數根據從註釋中獲得的類群名稱構建其係統發育拓撲；
進行分類學研究。對靈長類目下的人類近親感到好奇嗎？ find_Lineage("Primates") 是一個可以給你答案的單行指令；
邊境門目科屬種，分類實在太複雜了。 name2rank()、name2rank_str()，只需提供分類單元的名稱，它就會告訴您其分類等級；
超聯動。 taxtree基於Taxonomy資料庫，可以連結到TaxonKit軟體；此外，taxtree 產生 S3 系統發育類，這些ggtree通常用於在 R 中儲存系統發育樹。該樹還可以透過 write_taxTree() 輸出，結合itol.toolkit 套件並以 iTOL 進行修飾。