straw

Straw：從 .hic 檔案快速傳輸數據

Straw 是一個庫，允許從 .hic 檔案快速傳輸聯絡人資料。該儲存庫包含 Straw 的 C++、R、Python 和 MATLAB 版本的原始程式碼。

• Java版本請參閱：https://github.com/aidenlab/java-straw/
• Javascript版本請參閱：https://github.com/igvteam/hic-straw/

有兩個 Python 版本 - 一個是純 Python 版本，另一個是用 pybind11 包裝 C++ 程式碼。前一個版本已被棄用，轉而使用速度更快的 pybind11 版本。

• 出於存檔目的，純 python 版本已移至：https://github.com/aidenlab/pystraw

使用秸稈的 Jupyter 筆記本範例可以在這裡找到：https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

為python安裝straw

使用pip install hic-straw 。如果您想從原始程式碼構建，則必須安裝 pybind11。將庫和cd克隆到straw/目錄中。然後pip install ./pybind11_python 。

為 C++ 編譯秸稈

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

您必須安裝 cURL。請參閱 wiki 以取得更多文件。

如有疑問，請使用 Google 線上論壇。

正在進行的開發工作由 Muhammad S. Shamim 負責。過去的貢獻者包括 Neva C. Durand 和許多其他人。

如果您在工作中使用此工具，請引用

Neva C. Durand、James T. Robinson、Muhammad S. Shamim、Ido Machol、Jill P. Mesirov、Eric S. Lander 與 Erez Lieberman Aiden。 “Juicebox 為 Hi-C 聯絡人地圖提供了一個具有無限縮放功能的可視化系統。”細胞系統 3(1)，2016。