baad
veau2002, dictionary
生物量和異速資料庫 (BAAD) 包含有關全球木本植物建構的數據。這些數據收集自 170 多項已發表和未發表的科學研究，其中大部分以前未在公共領域公開。我們希望提供這些數據將提高我們了解世界木本植被的植物生長、生態系統動態和碳循環的能力。該數據集在出版物中有進一步描述
法爾斯特、DS、RA Duursma、MI Ishihara、DR Barneche、RG FitzJohn、A Vårhammar、M Aiba、M Ando、N Anten、MJ Aspinwall、JL Baltzer、C Baraloto、M Battaglia、JJ Battles、B Bond-Lamberty 、M van Breugel、J Camac、Y Claveau、L Coll、M Dannoura、S Delagrange、JC Domec、F Fatemi、W Feng、V Gargaglione、Y Goto、A Hagihara、JS Hall、S Hamilton、D Harja、T Hiura、 R Holdaway、 LS Hutley、T Ichie、EJ Jokela、A Kantola、JW G Kelly、T Kenzo、D King、BD Kloeppel、T Kohyama、A Komiyama、JP Laclau、CH Lusk、DA Maguire、G le Maire、A Mäkelä、 L Markesteijn、 J Marshall、K McCulloh、I Miyata、K Mokany、S Mori、RW Myster、M Nagano、SL Naidu、Y Nouvellon、AP O'Grady、KL O'Hara、T Ohtsuka、N Osada、OO Osunkoya、PL Peri、AM Petritan、L Poorter、A Portsmuth、C Potvin、J Ransijn、D Reid、SC Ribeiro、SD Roberts、R Rodríguez、A Saldaña-Acosta、I Santa-Regina、K Sasa、NG Selaya、SC Sillett、F Sterck 、K Takagi 、T Tange、H Tanouchi、D Tissue、T Umehara、H Utsugi、MA Vadeboncoeur、F Valladares、P Vanninen、JR Wang、E Wenk、R Williams、F de Aquino Ximenes、A Yamaba、T Yamada、T Yamakura 、RD Yanai和 RA York (2015) BAAD：木本植物生物量和異速生長資料庫。生態學96 ：1445–1445。 10.1890/14-1889.1
截至發佈時，BAAD 包含 175 項不同研究中收集的 258526 項測量數據，涉及 674 個物種的 20950 名個體。這些線上報告中提供了有關 BAAD 的個別研究的詳細資訊。
BAAD 中的數據是根據知識共享零公共領域豁免發布的，因此可以不受限制地重複使用。為了表彰建立資料庫所做的工作，我們懇請您引用上述文章，或者當僅使用一項或少數個別研究的數據時，如果您願意，可以引用原始文章。
有兩個選項可用於存取 BAAD 中的資料。
您可以從以下任一位置下載資料庫的編譯版本：
R的 baad.data 套件。資料庫包含以下元素
data ：合併的資料集（表），其中列如dictionary中定義dictionary ：變數定義表metadata ：包含「studyName」、「Topic」、「Description」列的表，包含有關用於收集資料的方法的書面信息methods ：一個表，其列與資料中的列相同，但包含用於收集資料的方法的程式碼。有關程式碼，請參閱 config/methodsDefinitions.csv。references ：作為總結表和 bibtex 條目，包含每項研究的主要來源contacts ：包含每項研究的聯絡資訊和隸屬關係的表格這些元素可以在上述兩個連結中以一系列 CSV 和文字檔案的形式取得。如果您使用R ，到目前為止存取資料的最佳方式是透過我們的套件 baad.data。安裝軟體包後（此處的說明），用戶可以運行
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )下載生態檔案儲存的版本，或
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )下載較早或較新的版本（其中版本號將遵循語義版本控制準則。baad.data 套件會快取所有內容，因此後續呼叫（即使是跨會話）也非常快。這應該透過使其易於依賴來促進更高的可重複性用於特定分析的版本，並允許不同的分析使用不同版本的資料庫。
有關不同版本以及版本之間的更改的更多詳細信息，請參閱 github 版本頁面和變更日誌。
BAAD 被設計為動態資料庫——隨著我們添加更多數據，我們將定期發布。這些更新將與該資源版本號的變更相對應，並且每個版本的資料庫都將在 github 上和透過 baad.data 套件提供。如果您使用此資源進行已發佈的分析，請記下出版品中的版本號。這將允許任何人在未來返回並找到與您使用的數據完全相同的版本。
BAAD 可以使用我們在 R 中的腳本化工作流程從來源（原始資料檔案）重建。若要從 R 安裝 remake，請執行：
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
還需要許多其他軟體套件（ rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ）。這些可以使用install.packages在 R 中安裝，或者使用 remake 更容易安裝（說明如下）。
然後可以使用 remake 重建資料庫。
首先從 Ecoological Archives 或 github 下載程式碼和原始資料（作為 zip 檔案），或透過複製 baad 儲存庫：
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
然後打開 R 並將下載的資料夾設定為工作目錄。然後，
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
資料集的副本已作為rds （R 的壓縮資料）和 csv 檔案保存在export資料夾中。
您可以透過檢查產生的相應提交或使用發布標籤下提供的連結來重現任何版本的 BAAD。例如，重現資料庫v1.0.0，對應Ecology中的論文和提交給Ecology的稿件：
git checkout v1.0.0
然後在R中運行
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
我們歡迎對 BAAD 做出進一步的貢獻。
如果您想貢獻數據，則要求是
請參閱這些說明，以了解如何準備和提交您的貢獻。
一旦提供了足夠的額外數據，我們計劃提交第一篇數據論文的更新，邀請自第一篇數據論文以來做出貢獻的任何人作為共同作者。
我們非常感謝所有貢獻數據的人。我們也要感謝以下支持數據彙編的資金來源。 DS Falster、A. Vårhammer 和 DR Barneche 受聘於 ARC 向 Falster (DP110102086) 提供的發現資助以及向 RA Duursma 提供的 UWS 啟動資助。 RG FitzJohn 得到了科學與工業捐贈基金 (RP04-174) 的支持。 MI Ishihara 得到了日本環境省環境研究和技術開發基金 (S-9-3) 的支持。
